Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTTGAGGCTGTGAAGGTCCGTGTCCAAACTCAGCCAGGTTTTGCAAGGGGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttacaaatgctgttaactcgtacattgtttttggtagaggatgtactgtaatcattctatgttgatctatgctcggatttaagattaggttgtgatcttattaagtgtcttatgatttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G05450.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9439983|gb|BE440494.1|BE440494
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|18038974|gb|BM307268.1|BM307268
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|208319383|gb|GE113376.1|GE113376
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|21993585|gb|BQ785113.1|BQ785113
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|7591542|gb|AW707273.1|AW707273
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|192324693|gb|FK018759.1|FK018759
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|19938613|gb|BQ081803.1|BQ081803
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|10237660|gb|BE806548.1|BE806548
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|23052981|gb|BU577472.1|BU577472
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|21888708|gb|BQ741921.1|BQ741921
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|208023912|gb|GD822310.1|GD822310
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|7588312|gb|AW704110.1|AW704110
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|22526003|gb|BU084814.1|BU084814
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|21600641|gb|BQ610972.1|BQ610972
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
EST: gi|17022287|gb|BM093321.1|BM093321
EST:     GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGG                         GCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT
genomic: GGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttac ... atgatttcagGCTGTACAAGGGATTAGTGCCTCTATGGGGACGACAGATTCCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATTTGAGGCTGTGAAGGTCCGTGTCCAAACTCAGCCAGGTTTTGCAAGGGGTTTGTCTGATGGGCTCCCAAAATTTGTCAGATCCGAAGGAACCTTAGGgtatgcttacaaatgctgttaactcgtacattgtttttggtagaggatgtactgtaatcattctatgttgatctatgctcggatttaagattaggttgtgatcttattaagtgtcttatgatttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA