Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaatgtgcatagatatgtttatttacaacattcttcttatctgctaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G17930.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g39720.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaatgtgcatagatatgtttatttacaaca-ttcttcttatctgctaa
||| ||||||||  | | |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||| || ||||| || |||||||      | |||  | |||  ||| | | | ||  ||   |  |  |  |||        |  |     |||| ||   ||  |  |   ||    || 
TGTATGGGTTGCTAGAAAACCACCAGGTTTTGCCTTTATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCAGAAGATGCAATTCGTGATTTAGATGgtaataagcgtagatatttgtctttgtagt-tcatgcaagatagtttcatgttatgcacttctctaatgagttatctatttcaacttctggcattacatag

upper sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G027105_T07 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattat-gttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaatg--tgcatagatatgtttatttacaa--cattcttcttatctgctaa
||| ||||||||  | | |||||| || | ||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |    || || ||| | ||      | | ||    ||  | |  | |  |  ||  |       || |  | | |||||   |||  |      | ||  
TGTATGGGTTGCTAGGAAACCACCAGGGTTTGCCTTCATTGACTTTGATGACCGCAGGGATGCACAAGATGCCATTCGTGAATTGGATGgtactt----aataactatagatgcctatttattattactttgtagtgtagagaacttgccttttcttgtaagactttctacaagtaatttatgcagctttctg-

upper sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G070239_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaat-gtaatagaattaaaatcaaaattaaatgtgcatagatatgtttatttacaacattcttcttatctgctaa
||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| | || || ||| |||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||  |  | | |||| | | ||   |   ||    |  | | |  |  |  ||  | |    |   |   |   | |  | |   |   |
TGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttttatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta

upper sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G070239_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 2
-----------TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaat-gtaatagaattaaaatcaaaattaaatgtgcatagatatgtttatttacaacattcttcttatctgctaa
           ||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| | || || ||| |||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||  |  | | |||| | | ||   |   ||    |  | | |  |  |  ||  | |    |   |   |   | |  | |   |   |
TCTCAATGCAGTGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttttatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta

upper sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G080930_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaa-----attaaatgtgcataga-------tatgtttatttacaacattcttct------tatctgctaa---------------------------------------------------------------------------------
||||||| ||||||||| ||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||| | || || ||  |||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||  |  | | |||| | |    |  |  |        |      |||  | |  | |||       | || || |||      || |||       | | |  |||                                                                                 
TGTTTGGATTGCACGTAAACCACCTGGCTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCGGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agaagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctctgcctggacactctttagttttataaagaggaatcctgtgattgtttggggagttgttcagtcaggtgtatattaagacactgcattgctcttacccctcgctttgctcttactactttttttgctggcattcttttgtgcatggtgtccaaaatag

upper sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT4G31580.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgta------tgttcagaagaatt--atgttgttggaatgtaatagaa-ttaaaatcaaaattaaatgtgcatagatatgtttatttacaacattcttcttatctgctaa---------------------------------------------------------------------
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | || || || || |  || || || |  |||||||||||||  || |||||||        |||| |    ||  || ||| |    | |  ||||| || |  |    |||     || | | ||| ||||  |      ||  ||   |   |  ||                                                                     
TGTTTGGGTTGCCCGTAGACCACCTGGTTACGCTTTTCTAGATTTCGAAGATCCTAGGGATGCCCGTGATGCTATCCGTGCTTTAGATGgtaatgatgcattcatattctttctattttgctttgttctcttagaagttgatgttttgattgggattgga-aaataagtttggt---ggaatcttttaaaggagagaaatttgaggtttgcaattacttttgacttgaaacttcacaatttgacatggatattgtgataacggatag

upper sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0069g00800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaatgta-atagaattaaaatcaaaattaaatgtgcatag-atatgtttatttacaacattcttcttatctgctaa
||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||    |||| || | ||||     |||  || |   |  |||      ||    || |    ||      |   |   |||     || |||  |  
TGTCTGGGTTGCACGCAGACCACCAGGCTATGCTTTTATCGACTTTGATGACCGTAGAGATGCACAAGATGCAATTCGTGAATTAGATGgtatgtattaaaga-ttttcttgtaatggtgtttattgttcttgaattttctctatgcttgaacctcatgccaacaaccatttcatctcctttctctaatt-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298170870|gb|HO015846.1|HO015846
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|213589771|gb|DB969592.1|DB969592
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|13790205|gb|BG652796.1|BG652796
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298179401|gb|HO027872.1|HO027872
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|16996626|gb|BM085998.1|BM085998
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298185492|gb|HO030705.1|HO030705
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|7285723|gb|AW598210.1|AW598210
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|192299813|gb|FG993333.1|FG993333
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|8669525|gb|BE190632.1|BE190632
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|209700148|gb|BW652992.1|BW652992
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298198145|gb|HO039684.1|HO039684
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|193434574|gb|FK401538.1|FK401538
EST:     ACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: ACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298164978|gb|HO011027.1|HO011027
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298178379|gb|HO024114.1|HO024114
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|7591104|gb|AW706844.1|AW706844
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298179203|gb|HO027674.1|HO027674
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
EST: gi|298165150|gb|HO011199.1|HO011199
EST:     TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATG                         GCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG
genomic: TGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcag ... tatggagcagGCAAGAATGGTTGGAGGGTTGAGCTTTCTCACAACTCTAGAGGTGGAGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaatgtaatagaattaaaatcaaaattaaatgtgcatagatatgtttatttacaacattcttcttatctgctaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG