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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAGgtaaactattctacattttttatttaaattttcattttatcttgggttgatttgtgttgtttgatgatgttttgtttgtttgtgtgatgttggtttggatggatcatggaattggaattaatgtgtgtatttgttggtctatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G14000.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23734721|gb|BU765601.1|BU765601
EST:     AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAG                         GGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
genomic: AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAGgtaaactatt ... tggtctatagGGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
EST: gi|7232441|gb|AW567797.1|AW567797
EST:     AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAG                         GGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
genomic: AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAGgtaaactatt ... tggtctatagGGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
EST: gi|120532999|gb|EH261132.1|EH261132
EST:     AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAG                         GGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
genomic: AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAGgtaaactatt ... tggtctatagGGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
EST: gi|120533853|gb|EH261986.1|EH261986
EST:     AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAG                         GGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
genomic: AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAGgtaaactatt ... tggtctatagGGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
EST: gi|26056275|gb|CA799189.1|CA799189
EST:     AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAG                         GGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA
genomic: AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAGgtaaactatt ... tggtctatagGGATCTGGAGAGGAGGATTGTGGAAGCTGAGATGGAATTGACATTGGCTAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGGCCTAAGGTTCTTACAGTGGAAGATAAGTTAATGGTGCTTGGGTGCAGgtaaactattctacattttttatttaaattttcattttatcttgggttgatttgtgttgtttgatgatgttttgtttgtttgtgtgatgttggtttggatggatcatggaattggaattaatgtgtgtatttgttggtctatag

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