1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G00760.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|19052939|gb|BM731606.1|BM731606
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|193384949|gb|FK351921.1|FK351921
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCTAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|192328380|gb|FK020091.1|FK020091
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|193670964|gb|FK613800.1|FK613800
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|192329988|gb|FK021574.1|FK021574
genomic: GGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|37993878|gb|CF805624.1|CF805624
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGGTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCTTGCTGCACAGAGTATTCAATTAGGCACAAATGATGTTGTTGTGGCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG