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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCTGCGCCCTGATTTCCATGTCTCGGCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacctgttttttcttcaatatttttcacttggtcaagtgctctgcatttagttattttttggctaatgacttagttatcttcattcggttcggt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G41120.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193532599|gb|FK492419.1|FK492419
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|6071447|gb|AW100834.1|AW100834
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|18040397|gb|BM308691.1|BM308691
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|6915528|gb|AW397058.1|AW397058
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|10843979|gb|BF067325.1|BF067325
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|193651612|gb|FK598213.1|FK598213
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|192308239|gb|FK002751.1|FK002751
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGCGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|193406346|gb|FK372995.1|FK372995
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|15662424|gb|BI699795.1|BI699795
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|192300263|gb|FG987840.1|FG987840
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|207840806|gb|GD810999.1|GD810999
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTGG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|37997347|gb|CF808936.1|CF808936
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|207791068|gb|GD762429.1|GD762429
EST:     CGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: CGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|193508530|gb|FK465393.1|FK465393
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|9986087|gb|BE660195.1|BE660195
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|151409950|gb|EV279758.1|EV279758
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|207745235|gb|GD715939.1|GD715939
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACT-G-GA-G--AG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
EST: gi|207765423|gb|GD738622.1|GD738622
EST:     GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTGG                         TGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC
genomic: GCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacc ... gcattaacagTGCTGAAATGCTTGTTAATTTGGGAATTCCTTGGGTTATTATTGGTCACTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TGTTCCTTCCTTTTGTAAAAAGTTTGCTGCGCCCTGATTTCCATGTCTCGGCCCAAAATTGTTGGGTTCGCAAAGGTGGTGCTTATACTGGAGAGGTTAGgtatgttacctgttttttcttcaatatttttcacttggtcaagtgctctgcatttagttattttttggctaatgacttagttatcttcattcggttcggt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG