Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGAGCTTATTGCTTCTGAGAATTTTACATCTAGAGCAGTGATGGAAGCAGTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgtctctttgatttaagaaaatgtttttcatttccatatcttcaagatttagaaaacatgtttgttttggtatccagtttttgttcttggaaaatgagaatttagaaatgtgttgatttattcattttcaaatataattaaaatttcacaaaacctcattgtacatgtaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29410.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G29410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0008g00770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TTGAGCTTATTGCTTCTGAGAATTTTACATCTAGAGCAGTGATGGAAGCAGTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaa-atgtctctttgatttaagaaaatgtttttcatttccatatcttcaagatttagaaaacatgtttgttttggtatccagtttttgttcttggaaaatgagaatttagaaatgtgttgatttattcattttcaaatataattaaaatttcacaaaacctcattgtacatgtaag
| || |||||||| || |||||||| |||||  | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||| |||    |||  ||   | || |||||||  | |     ||     | ||| |    | || |    ||||  || | |    ||    |                                                                                  
TAGAACTTATTGCCTCAGAGAATTTCACATCCCGGGCAGTGATGGAAGCTGTTGGTTCTTGCCTCACAAACAAATATTCTGAGGGATTGCCTGGTAAAAGgtaaaacatg---gtttatttcgtggaagtgtttttgttcttgcattcagtctgcttttg----cttgatcccattgg--tcaaatcaacgtatcag----------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA13G29410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ14551 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
TTGAGCTTATTGCTTCTGAGAATTTTACATCTAGAGCAGTGATGGAAGCAGTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgtctctttgatttaagaaaatgtttttcatttccatatcttcaagatttagaaaacatgtttgttttggtatccagtttttgttcttggaaaatgagaatttagaaatgtgttgatttattcattttcaaatataattaaaatttcacaaaacctcattgtacatgtaag
| ||||| ||||| || ||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||  | || || |||||||     || |||  |  |||       | |||||   ||  |  |   | || | | || |                                                                                                                    
TAGAGCTCATTGCCTCGGAGAATTTTACGTCCCGAGCTGTGATGGAAGCTGTTGGTTCGTGCTTGACAAACAAGTACTCGGAAGGGCTTCCTGGGAAAAGgttt---tgcctcgctcttttt------ttttttttgcttgaagtttaacgagttgtggatag-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA13G29410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ26254 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
TTGAGCTTATTGCTTCTGAGAATTTTACATCTAGAGCAGTGATGGAAGCAGTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgtctctttgatttaagaaaatgtttttcatttccatatcttcaagatttagaaaacatgtttgttttggtatccagtttttgttcttggaaaatgagaatttagaaatgtgttgatttattcattttcaaatataattaaaatttcacaaaacctcattgtacatgtaag
| ||||| ||||| || |||||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||  | || || |||||||     || |||  |  |||         |||||   ||  |  |   | || | | || |                                                                                                                    
TGGAGCTCATTGCCTCAGAGAATTTCACGTCCCGAGCTGTGATGGAAGCTGTTGGTTCGTGCTTGACAAACAAGTACTCGGAAGGGCTTCCTGGGAAAAGgttt---tgcctcgctcttttt--------tttttggcttgaagtttaacgagttgtggatag-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213618482|gb|DB967719.1|DB967719
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213607954|gb|DB963012.1|DB963012
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGG
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGG
EST: gi|192298549|gb|FG989225.1|FG989225
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213595788|gb|DB955936.1|DB955936
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGC
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGC
EST: gi|209698390|gb|BW667185.1|BW667185
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGT
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGT
EST: gi|192300072|gb|FG992210.1|FG992210
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|209726321|gb|BW680233.1|BW680233
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTC
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTC
EST: gi|209729807|gb|BW658612.1|BW658612
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|209700550|gb|BW670389.1|BW670389
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTG
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTG
EST: gi|209703495|gb|BW683356.1|BW683356
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|5753603|gb|AI960890.1|AI960890
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|208258968|gb|GE055401.1|GE055401
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTC
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTC
EST: gi|193680055|gb|FK622379.1|FK622379
EST:     GCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213617937|gb|DB957390.1|DB957390
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|192301792|gb|FG994444.1|FG994444
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCGCAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213618128|gb|DB965285.1|DB965285
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCCGGTAANAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213607759|gb|DB959098.1|DB959098
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|254333981|gb|GR848899.1|GR848899
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|18039880|gb|BM308174.1|BM308174
EST:     AAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: AAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213591483|gb|DB973860.1|DB973860
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213596710|gb|DB964057.1|DB964057
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|254335574|gb|GR847102.1|GR847102
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|209716972|gb|BW682296.1|BW682296
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGC
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGC
EST: gi|8283703|gb|BE021262.1|BE021262
EST:     TTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGACGGATTGCCGGGGTAAA-G                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATT
genomic: TTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGG-TAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATT
EST: gi|209718052|gb|BW671885.1|BW671885
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCT
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCT
EST: gi|254345539|gb|GR851701.1|GR851701
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213587616|gb|DB971339.1|DB971339
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213601117|gb|DB964638.1|DB964638
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCA
EST: gi|209722234|gb|BW651251.1|BW651251
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATG
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATG
EST: gi|151395198|gb|EV265069.1|EV265069
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|209720338|gb|BW672157.1|BW672157
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213591392|gb|DB973825.1|DB973825
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|213589477|gb|DB965777.1|DB965777
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|209725262|gb|BW672737.1|BW672737
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAATCCTATGTCAACA
EST: gi|193383247|gb|FK348600.1|FK348600
EST:     GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAG                         GTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAA
genomic: GTTGGGTCGTGCCTCACAAACAAGTACTCAGAAGGATTGCCGGGTAAAAGgtaaaaatgt ... tacatgtaagGTACTATGGTGGCAATGAGTACATTGATGAGCTTGAAA