Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAGCAGGACTGCCTGTTGGTTACAAGGGTTGTCAATTTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttctggtgtggtttatctttgactttttctgtttgtgtatcaacattcatgaaaataaaataagctgagtacactttatggtccatttgcatgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26260.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0084g00620.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GAAAGCAGGACTGCCTGTTGGTTACAAGGGTTGTCAATTTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttctggtgtggtttatctttgactttttctgtttgtgtatcaacattcatgaaaataaaataagctgagtacactttatggtccatttgcatgg
 ||||| ||| | ||||||||||||||||| || || || || || || || || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||     |||        | | |  ||   | | |   |   |  | |    || ||     |    ||        |   | |    ||| ||| ||   
AAAAGCTGGATTACCTGTTGGTTACAAGGGATGCCAGTTCCACAGGGTCATCAAAGATTTCATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTCAAGg-----ttcctccaaactctcttcttctttctcttcataaatcgaccgttttttattgttcttttctagttgtctcattttcttctctccctttccag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58015177|gb|CX701919.1|CX701919
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|58025427|gb|CX712168.1|CX712168
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298164520|gb|HO014165.1|HO014165
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|151408761|gb|EV278569.1|EV278569
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298179325|gb|HO027796.1|HO027796
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTCATGATTCAGGCGGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298174291|gb|HO017627.1|HO017627
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|58021016|gb|CX707758.1|CX707758
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298170313|gb|HO018937.1|HO018937
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTCCATGATTCAGGCGGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|31561148|gb|CD486986.1|CD486986
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTCATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|58024086|gb|CX710827.1|CX710827
EST:     GGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: GGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|209704174|gb|BW664792.1|BW664792
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298180377|gb|HO025578.1|HO025578
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTCATGATTCAGGCGGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|192333246|gb|FK026127.1|FK026127
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|16348066|gb|BI973661.1|BI973661
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298172532|gb|HO019572.1|HO019572
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTCATGATTCAGGCGGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|151393429|gb|EV263304.1|EV263304
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|298183104|gb|HO028367.1|HO028367
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTCATGATTCAGGCGGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|163923182|gb|EH038294.1|EH038294
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGAACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|209704173|gb|BW664791.1|BW664791
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|58021929|gb|CX708670.1|CX708670
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
EST: gi|192298333|gb|FG992108.1|FG992108
EST:     TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCCGGTGATTTTGTAAAG                         GGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA
genomic: TTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttct ... tccttggcagGGAGATGGTAGTGGATGTGTTTCCATCTATGGACTCAAGTTTGATGATGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAAGCAGGACTGCCTGTTGGTTACAAGGGTTGTCAATTTCATAGAGTTATTAAGGATTTTATGATTCAGGCTGGTGATTTTGTAAAGgtactgttctggtgtggtttatctttgactttttctgtttgtgtatcaacattcatgaaaataaaataagctgagtacactttatggtccatttgcatgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataaa