Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacacttgttctgaattattgaatctcacgtcacagattccggctttactaattaatatcatgaaaatgctgacaaagagaggtggaaaaaaagaggtggaagtgcacatttcataatgatgatttctataatttcctttttggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G20780.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209708530|gb|BW668141.1|BW668141
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|209710379|gb|BW681278.1|BW681278
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|13311384|gb|BG405035.1|BG405035
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|192324906|gb|FK016092.1|FK016092
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCGG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|12773339|gb|BG238266.1|BG238266
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213598835|gb|DB968306.1|DB968306
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|209711575|gb|BW676820.1|BW676820
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGGGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|13477616|gb|BG507425.1|BG507425
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACCTTGCTGGGG                         GTGCTTCTCAGAATTCAATCAGG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGG
EST: gi|4437142|gb|AI523007.1|AI523007
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|209711086|gb|BW681150.1|BW681150
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|151405346|gb|EV275160.1|EV275160
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|192327273|gb|FK019550.1|FK019550
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGTTACTCAGGATTCAATCAGGGTTG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTG
EST: gi|151404672|gb|EV274486.1|EV274486
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|11687342|gb|BF594982.1|BF594982
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|208207845|gb|GE008088.1|GE008088
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAAATTCAATCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAA-TTCAATCAG
EST: gi|213611486|gb|DB959196.1|DB959196
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|9987590|gb|BE661698.1|BE661698
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213597865|gb|DB958246.1|DB958246
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|19937792|gb|BQ081423.1|BQ081423
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|298174188|gb|HO017524.1|HO017524
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|12773014|gb|BG237941.1|BG237941
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|14126129|gb|BG790567.1|BG790567
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213591667|gb|DB969767.1|DB969767
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213587888|gb|DB959712.1|DB959712
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|213605470|gb|DB964609.1|DB964609
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|208273170|gb|GE070092.1|GE070092
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
EST: gi|4395913|gb|AI494910.1|AI494910
EST:     GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAG                         GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG
genomic: GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacact ... tttttggcagGTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTATGAAGAATTGGCTAACAATCCTAATGTGGAGTACATTGCTGGAGgtaatacacttgttctgaattattgaatctcacgtcacagattccggctttactaattaatatcatgaaaatgctgacaaagagaggtggaaaaaaagaggtggaagtgcacatttcataatgatgatttctataatttcctttttggcag

-  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA