Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCATCTGGGGCATTTCCTCCTCTCGCGCCTGTTGCTTGAGGACTTGGAAAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttcattagcatgtttattgtgagttccagttcttatcacaccattaggttgcatttcttatgctgattgtgtgtattcaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G35050.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G35050.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT4G27440.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AATCATCTGGGGCATTTCCTCCTCTCGCGCCTGTTGCTTGAGGACTTGGAAAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttcattagcatgtttattgtgagttccagttcttatcacaccattaggttgcatttcttatgctgattgtgtgtattcaacag
|| ||| |||| ||||| || ||| |  |  |||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||  | |||||||| || || || || ||| | ||    ||| || | |||    |   | |  |   |  | |      | ||    |  || |  || |||| ||  || |    
AACCATTTGGGACATTTTCTTCTCGCAAGGTTGTTGCTTGATGACTTGAAGAAATCTGATTACCCTTCAAAGCGTCTCATCATCGTCGGATCCATTACCGgtattgtc---tagaatctgtat----aaccctacattgcaagatagagaatgattttgatcattgttatgtttgtttg-gtttag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18848637|gb|BM567775.1|BM567775
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         TGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|6482009|gb|AW201280.1|AW201280
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACCACATT-GCTTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAA-CACATTGGC-TGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGG
EST: gi|298174911|gb|HO014828.1|HO014828
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCC
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCC
EST: gi|9564238|gb|BE473747.1|BE473747
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|16348780|gb|BI974375.1|BI974375
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|192310578|gb|FG999237.1|FG999237
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|192333020|gb|FK024669.1|FK024669
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|193633014|gb|FK580162.1|FK580162
EST:     TTGGTTCAATAACAG                         GGTAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGT
genomic: TTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGG-AACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGT
EST: gi|208024246|gb|GD824254.1|GD824254
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGT-CAATAACAG                         GGAACACAAACA
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACA
EST: gi|10848329|gb|BF070840.1|BF070840
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|207794636|gb|GD766277.1|GD766277
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|10234884|gb|BE803772.1|BE803772
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|192329551|gb|FK021893.1|FK021893
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|16996859|gb|BM086231.1|BM086231
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAAT
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAAT
EST: gi|16343863|gb|BI969458.1|BI969458
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGG-TCAATNNNNG                         GGNNNNCAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|8404314|gb|BE059948.1|BE059948
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|298176131|gb|HO015536.1|HO015536
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCA
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCA
EST: gi|7692111|gb|AW760226.1|AW760226
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|6667886|gb|AW279337.1|AW279337
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|9565140|gb|BE474640.1|BE474640
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|6482100|gb|AW201371.1|AW201371
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|17153503|gb|BM143436.1|BM143436
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|7691285|gb|AW759479.1|AW759479
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|7283743|gb|AW596347.1|AW596347
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|10845987|gb|BF068984.1|BF068984
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|17519573|gb|BM188615.1|BM188615
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|192305060|gb|FG994610.1|FG994610
EST:     AATCCGATTA-CCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|18040863|gb|BM309157.1|BM309157
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|22541679|gb|BU091522.1|BU091522
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|10234872|gb|BE803760.1|BE803760
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|7796630|gb|AW782027.1|AW782027
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAAAACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|6482476|gb|AW201733.1|AW201733
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|11412044|gb|BF424055.1|BF424055
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|15337758|gb|BI498414.1|BI498414
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
EST: gi|193301922|gb|FK266491.1|FK266491
EST:     AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAG                         GGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG
genomic: AAAATCCGATTACCCTTCAAAGCGCTTGATCATCGTTGGTTCAATAACAGgtctagttca ... tattcaacagGGAACACAAACACATTGGCTGGTAATGTACCTCCCAAGGCTAACCTTGGTG