Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGTGGTTCACCCTCTCAAGGTCTCTTTGGAGGACCTTTATCTTGGAACTTCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaattcggagtttgttttggttttgattggtgattagtttttcaggggaagaaatgcttttttagtttttaaagtatgatattgattaatttga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G10150.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G10150.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0080g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
ACGTGGTTCACCCTCTCAAGGTCTCTTTGGAGGACCTTTATCTTGGAACTTCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaattcggagtttgttttggttttg-attggt---gattagtttttcaggggaagaaatgcttttttagtttttaaagtatgatattgattaatttga
| || || |||||  | ||||| ||||| |||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| | |  |   |    |    ||||  | || |     ||| |||||   |    |  |||   || ||  |   |   ||| || |  |  |      
ATGTCGTCCACCCCTTGAAGGTTTCTTTAGAGGACCTTTATATTGGGACGTCAAAGAAACTCTCCCTCTCAAGAAATGTAATATGCTCGAAGTGCAATGGgtgagtaattctgtgatgcactcaaattttataatgatttcatttactttttattgccctgctatgtgcttata--tgggaggttatcatgtaaacaatgacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163921452|gb|EH039796.1|EH039796
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|7283363|gb|AW595972.1|AW595972
EST:     TCCAAGACGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCCAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGC
EST: gi|7145617|gb|AW507539.1|AW507539
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAGATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTG-CAAGG
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGG
EST: gi|209702528|gb|BW667161.1|BW667161
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|23731302|gb|BU763768.1|BU763768
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|9565024|gb|BE474533.1|BE474533
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAAGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|7233141|gb|AW568490.1|AW568490
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCACGTGCAGCGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATG
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATG
EST: gi|254331284|gb|GR845863.1|GR845863
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|213597728|gb|DB964176.1|DB964176
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTC
EST: gi|17964820|gb|BM271549.1|BM271549
EST:     TCCAAGAAGCTATCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|19346943|gb|BM891823.1|BM891823
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|37995152|gb|CF806741.1|CF806741
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|254317606|gb|GR826590.1|GR826590
EST:     CCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCCAAGTGCAGTGC                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGT
genomic: CCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCC-AAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGT
EST: gi|208145838|gb|GD943169.1|GD943169
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGT
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGT
EST: gi|213604871|gb|DB956156.1|DB956156
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTG
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTG
EST: gi|213587385|gb|DB967763.1|DB967763
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGT
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGT
EST: gi|254331941|gb|GR843684.1|GR843684
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|213620401|gb|DB957298.1|DB957298
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTT
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTT
EST: gi|9820841|gb|BE556351.1|BE556351
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|17023982|gb|BM095016.1|BM095016
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGT
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGT
EST: gi|18038932|gb|BM307226.1|BM307226
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|9204315|gb|BE330539.1|BE330539
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTAG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTTGTTGTCAAAGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|254332502|gb|GR846440.1|GR846440
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|15815119|gb|BI787394.1|BI787394
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|7146637|gb|AW508559.1|AW508559
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|48575684|gb|CO036521.1|CO036521
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGTTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|8401801|gb|BE057435.1|BE057435
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|23734385|gb|BU765420.1|BU765420
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGT
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGT
EST: gi|22523009|gb|BU081820.1|BU081820
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|209716968|gb|BW682292.1|BW682292
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|193370422|gb|FK334072.1|FK334072
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|17401404|gb|BM178186.1|BM178186
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGA
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGA
EST: gi|17023218|gb|BM094252.1|BM094252
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|254343483|gb|GR857239.1|GR857239
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|4313977|gb|AI461096.1|AI461096
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|6454716|gb|AW185399.1|AW185399
EST:     TCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|105637859|gb|DY577236.1|DY577236
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|11274646|gb|BF324983.1|BF324983
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAAGGT-ATATGCTCCA-GTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTG
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTG
EST: gi|16106262|gb|BI894002.1|BI894002
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|15814969|gb|BI787244.1|BI787244
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGT
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGT
EST: gi|254348249|gb|GR851928.1|GR851928
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|7796737|gb|AW782131.1|AW782131
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|298171487|gb|HO016519.1|HO016519
EST:     CCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: CCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATG-TTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|37996163|gb|CF807752.1|CF807752
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|209696741|gb|BW660438.1|BW660438
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|254323741|gb|GR836080.1|GR836080
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|26058922|gb|CA801836.1|CA801836
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|209704694|gb|BW656672.1|BW656672
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|16104905|gb|BI892645.1|BI892645
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|209716390|gb|BW650763.1|BW650763
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|16996745|gb|BM086117.1|BM086117
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|209720216|gb|BW674556.1|BW674556
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTG
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTG
EST: gi|16347783|gb|BI973378.1|BI973378
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
EST: gi|19346898|gb|BM891786.1|BM891786
EST:     TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGG                         CAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC
genomic: TCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaat ... gaatttacagCAAGGGTTCTAAGTCTGGTGCTTCGATGAAGTGTGCTGGTTGTCAAGGAAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACGTGGTTCACCCTCTCAAGGTCTCTTTGGAGGACCTTTATCTTGGAACTTCCAAGAAGCTCTCCCTCTCCAGAAATGTTATATGCTCCAAGTGCAGTGGgtaagtgaattcggagtttgttttggttttgattggtgattagtttttcaggggaagaaatgcttttttagtttttaaagtatgatattgattaatttga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC