1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AGGACATATTTGAGGCCTTTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaaggttttgcttctctttgggcttttgttttgcatactttttggtctaactgtgatggtgatgatgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09200.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|192332259|gb|FK023908.1|FK023908
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|298167178|gb|HO010617.1|HO010617
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGTGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|213603562|gb|DB962708.1|DB962708
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAANAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|22525296|gb|BU084107.1|BU084107
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|24205701|gb|BU964954.1|BU964954
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|192332260|gb|FK023909.1|FK023909
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|298165521|gb|HO011570.1|HO011570
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGTGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGAEST: gi|27424689|gb|CA936209.1|CA936209
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGA
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|33388402|gb|CA851609.1|CA851609
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|17401417|gb|BM178199.1|BM178199
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGTGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCEST: gi|213602386|gb|DB980449.1|DB980449
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGC
EST: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGAATCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|207692884|gb|GD675473.1|GD675473
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: CATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCGEST: gi|192315783|gb|FK008493.1|FK008493
genomic: CATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: ATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: ATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGACATATTTGAGGCCTTTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaaggttttgcttctctttgggcttttgttttgcatactttttggtctaactgtgatggtgatgatgcag
- - - - - - - - - - - - GATGGA