Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGACATATTTGAGGCCTTTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaaggttttgcttctctttgggcttttgttttgcatactttttggtctaactgtgatggtgatgatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09200.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192316065|gb|FK008890.1|FK008890
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|298167178|gb|HO010617.1|HO010617
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGTGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|192332259|gb|FK023908.1|FK023908
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|213603562|gb|DB962708.1|DB962708
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAANAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|27424689|gb|CA936209.1|CA936209
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|207692884|gb|GD675473.1|GD675473
EST:     CATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: CATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|213602386|gb|DB980449.1|DB980449
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGAATCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|298165521|gb|HO011570.1|HO011570
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGTGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGA
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGA
EST: gi|33388402|gb|CA851609.1|CA851609
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|192332260|gb|FK023909.1|FK023909
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|17401417|gb|BM178199.1|BM178199
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGTGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGC
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGC
EST: gi|192315783|gb|FK008493.1|FK008493
EST:     ATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: ATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
EST: gi|24205701|gb|BU964954.1|BU964954
EST:     TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAG                         GTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG
genomic: TTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaa ... gatgatgcagGTTAAGTTGATGTGCTCGTACTGTAAGAAGCATGATGAAAGTGAAGTTCCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGACATATTTGAGGCCTTTAATAGATGGAAAGATAGACATTCTTTACCGGATGGCGCACATAAAAAGgttggtgcaaggttttgcttctctttgggcttttgttttgcatactttttggtctaactgtgatggtgatgatgcag

- - - - - - - - - - - - GATGGA