1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GTTCCTGAAAGCAAGGAAGTTTGATATTGAAAGAGCAAAGCATATGTGGGCTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtagatagaatttggataatatttactataataggttacaagattagcctctgcggtggttggatttgtttgttattgcatcctctgggcttaatgttttgtgtttgcgttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G04460.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCNCATGGCEST: gi|193702779|gb|FK637853.1|FK637853
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCEST: gi|193512335|gb|FK468217.1|FK468217
genomic: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATEST: gi|151397966|gb|EV267839.1|EV267839
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTAT
EST: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCEST: gi|208161621|gb|GD959721.1|GD959721
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCEST: gi|193548670|gb|FK509583.1|FK509583
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCEST: gi|207752114|gb|GD723169.1|GD723169
genomic: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCEST: gi|208088899|gb|GD889899.1|GD889899
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: GATATGTCTACTAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCEST: gi|193484721|gb|FK449901.1|FK449901
genomic: GATATG-CTAC-AATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGCEST: gi|208239380|gb|GE041252.1|GE041252
genomic: ATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
EST: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGEST: gi|208302256|gb|GE096983.1|GE096983
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATG
EST: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAG GATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
genomic: CTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtag ... tttgcgttagGATTTTGAGTTCAAAGAAGTAGATGAAGTTGTGAAGTATTATCCACATGGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCCTGAAAGCAAGGAAGTTTGATATTGAAAGAGCAAAGCATATGTGGGCTGATATGCTACAATGGAGGAAGGAGTTTGGTACTGACACTATTATGGAGgtaaatgtagatagaatttggataatatttactataataggttacaagattagcctctgcggtggttggatttgtttgttattgcatcctctgggcttaatgttttgtgtttgcgttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG