1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GTTTCAAGGAAGAAGTGTCAGGAAGTGGAAATAGTGAAGGGTTTCCAGAATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctcaaattatctgtgtttcagctttcgggtagggcttgttcaaaagctacttagatattagtgctcaaattctaaagctggtgcagtaactgg...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G02920.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATGEST: gi|193429874|gb|FK395536.1|FK395536
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGEST: gi|193419575|gb|FK383211.1|FK383211
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATGEST: gi|193408566|gb|FK374124.1|FK374124
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCAATEST: gi|193393928|gb|FK358507.1|FK358507
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCA-T
EST: TTGGTAGTTGTTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATGEST: gi|193414153|gb|FK377853.1|FK377853
genomic: TTGG-AGTTG-TGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGACACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGEST: gi|58022079|gb|CX708820.1|CX708820
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTG-CACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATGEST: gi|7326570|gb|AW620368.1|AW620368
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATGEST: gi|193436738|gb|FK400883.1|FK400883
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGGTTGCTGCATG
EST: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAG GAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
genomic: ATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctc ... tcaatatcagGAATTGCACGTTGTTTCACCTTTGGTGGGAGTAGGAAGAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTTCAAGGAAGAAGTGTCAGGAAGTGGAAATAGTGAAGGGTTTCCAGAATTTGGAGTTGTGCAAGATGCTGATCGACTTGATGCTATTGGTGCTATAGgtattttctcaaattatctgtgtttcagctttcgggtagggcttgttcaaaagctacttagatattagtgctcaaattctaaagctggtgcagtaactgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtagg