Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G35450.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G22440.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgta---tctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt
 || ||||||||| | || || || || || || ||||| ||| | ||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    | |  |  ||| | |   | |||| | ||    ||   | ||| |   ||   |||    | |     |||     | |||                
TCAAAAGGACAAGAGATTTAGCGGTTCTGTGAAATTGCCTCACGTTCCTAGGCCAAAGATGAAGATTTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCACGTCGAAGAGgttcacttttttccgccttttcttttgaaaatgttatgattagtacttagt--agtatagtactataacttgcggttggtttacttag---------------

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT2G27530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaactctttatgt-tgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt
||| ||||| |||||||||||||| || || ||| | || || || |||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||   | |  | | ||||        ||| ||| ||| |    |||  || |    ||  |     | | |||| |  ||  ||    |   |        
ACAAAAGGATAAGCGTTTCAGTGGATCTGTGAAGCTCCCACATATTCCTCGCCCAAAAATGAAGATCTGTATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGgtgattgaaat-ctctat--------actttttgtgtatcttgtttggtttga-attggtgattgacacaaagtgtttgatgtttgttttgatag------

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G08360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt-----
 || |||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| || || || ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||||||     || |  | | ||||| |||| |  | || |||   | |  ||      |   ||       |   ||| |     |  |   |||  | || |     
TCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGTTACCACATATCCCCCGTCCTAAAATGAAGATCTGCATGCTCGGAGATGCCCAGCATGTTGAAGAGgt----gatatatctt-ttcatggaaattgatcattttgtgctctgtttcttgtataatggttttgtgctcatttcatttggtggctctattagtttcatttgat

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0080g00400.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt------
 ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || || |||||||||   | | ||| | | |   |   | |  |     |   |   || |    |      |  |   | || || |||||  |      | | || | ||      
CCAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGTTCTGTGAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgta---attgtgctccacttggctgcattaatggcaataaaag--aagtgaaagacaagtgtcattgctaa-ttgaagaatatttttcaactatttttttgtttaa

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S40_297V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaact---ctttatgtt-gccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt--
 ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||| |||| ||||| ||||| || ||||||| | | ||||||||||| ||||||||||| || || ||||  ||  ||| || |  |  |   |   |   ||| || || |     |  |||| |  | | |   |    |   |||   ||   ||| |   | | |   |  
CCAGAAAGACAAACGTTTCAGCGGCTCTGTGAAGCTGCCACACATTCCTCGTCCTAAGATGAGAGTGTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCACGTCGAGGAGg--tcatattcgcacattggaataatttttgccttcatatttgtttcatttttagattatcttgattaatgtctcatttcttaa-ccaacgttcatctgacaatag

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S427_1V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtat-ctaatttgc-----cctattcatcgaaactctttatgttgcca----tttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt---------------------------------------------------------------------------------------
 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| || |||||||  ||||| |||||||| ||||| || ||| |||||||||||| || |||  |        |||| |   |  | || ||| |||||    || ||| |     |||||  ||    |   | |  |    | | |||| ||   | |                                                                                        
CCAGAAAGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTGAAGCTTCCCCACATTCCTCGTCCTAAGATGAGGATTTGTATGCTTGGAGATGCCCAACATATTGAAGAGgtatgcttattctcaaattttgattctttctatttgttgatggtgccagaaattgaataaaacattgtag--aattttctgctctgggt--ctcatctcactggcctttgtatattaaaactagaaattatcaccctttacttgataatggataattgctgatgtcgtgagtttcttttggtcgtaactcgtcacag

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: PP1S18_121V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgc-catttaattag------gtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt----
 ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||||| ||||||    | |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||| |  | |  |  |   |  |  || | |  ||     |||||  | ||          |     |       |  | | |   |||  || |||| ||   |     
CCAGAAAGACAAGCGTTTCAGTGGTTCCGTGAAGCTGCCACACATTCCTCGCCCTAAGATGCGCGTGTGCATGCTCGGAGATGCCCAGCACGTTGAGGAGgtatttcctctaactcaactaatgccacccatgttgagaagcattttgtcagcatgccacattacgcaggttgattacctcttatttattcgccccattattgcgtaacag

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ31249 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtat--ctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt
 |||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||  | || |||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||    | |    ||    || |  |    |   ||     || |   |    |||| |   | ||                                   
GCAGAAGGACAAGCGTTTCAGCGGCTCGGTGAAGCTGCCTCACATTGCGCGGCCCAAGATGAGAGTGTGCATGCTCGGTGATGCGCAGCATGTAGGCGAGgtaagattgagcgccctctctcctttagttgccggattgaatcact-ggtccattgcttttttgcacag---------------------------------

upper sequence: GLYMA11G35450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ34353 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt
 |||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||  | || |||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||   |  |||  |      ||     || || |||||||     |||   | |  | |       |    |||    |                    
GCAGAAGGACAAGCGTTTCAGCGGCTCGGTGAAGCTGCCTCACATTGCCCGGCCCAAGATGAGAGTGTGCATGCTCGGTGATGCGCAGCATGTAGGGGAGgta---agattgagcgccctgtc-----tccttttgttgccg---gattgaat-cactggtccgttgctttttttgcacag-------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213590596|gb|DB968132.1|DB968132
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|192305923|gb|FG995795.1|FG995795
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|15814633|gb|BI786908.1|BI786908
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|151398425|gb|EV268296.1|EV268296
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|151400505|gb|EV270319.1|EV270319
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|192307782|gb|FG999261.1|FG999261
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|24136835|gb|BU927345.1|BU927345
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCATAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|308099186|gb|HO761027.1|HO761027
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|151393924|gb|EV263795.1|EV263795
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|18848831|gb|BM567943.1|BM567943
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|24136884|gb|BU927394.1|BU927394
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|214004726|gb|DB985379.1|DB985379
EST:     AAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCAGCG-TGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: AAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCA-TGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|9901912|gb|BE610880.1|BE610880
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|12773606|gb|BG238533.1|BG238533
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|15000729|gb|BI321543.1|BI321543
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|298185503|gb|HO030716.1|HO030716
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|298190383|gb|HO032504.1|HO032504
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAGAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|17400125|gb|BM176907.1|BM176907
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|209723425|gb|BW651353.1|BW651353
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|27423697|gb|CA935217.1|CA935217
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|298163950|gb|HO013595.1|HO013595
EST:     GCCCCAAGATGAAAATGTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|298188041|gb|HO031998.1|HO031998
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|207767835|gb|GD740247.1|GD740247
EST:     ATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: ATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|16996638|gb|BM086010.1|BM086010
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|298180009|gb|HO025224.1|HO025224
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|298165591|gb|HO011640.1|HO011640
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|192305924|gb|FG995796.1|FG995796
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|192296219|gb|FG989760.1|FG989760
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|7284321|gb|AW596915.1|AW596915
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|15287229|gb|BI471120.1|BI471120
EST:     CCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|23725677|gb|BU760801.1|BU760801
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|12496698|gb|BG047195.1|BG047195
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTT
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|6746905|gb|AW317361.1|AW317361
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCC
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCC
EST: gi|209699176|gb|BW664353.1|BW664353
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|213619878|gb|DB971137.1|DB971137
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|6566570|gb|AW234213.1|AW234213
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|11687786|gb|BF595462.1|BF595462
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|151400830|gb|EV270644.1|EV270644
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|209701422|gb|BW667323.1|BW667323
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|16348580|gb|BI974175.1|BI974175
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|298177490|gb|HO023623.1|HO023623
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|58014260|gb|CX701002.1|CX701002
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|254316554|gb|GR828091.1|GR828091
EST:     CCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATG-TGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: -CCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|58017635|gb|CX704377.1|CX704377
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|17023216|gb|BM094250.1|BM094250
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
EST: gi|254316553|gb|GR828090.1|GR828090
EST:     GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAG                         GCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA
genomic: GCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatt ... tgatctgtagGCAGAGAAGATAGGACTGGACTGGATGGATGTAGAAGCCTTGAAAAAGCTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGCTCCGTCAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAAATTTGCATGCTTGGTGATGCTCAGCATGTTGAAGAGgtatctaatttgccctattcatcgaaactctttatgttgccatttaattaggtgctgtagggaacccccaagtttaagaaattaacctcattgttatctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA