1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CTTGTTGAAAGGTCGTAATGCGTGGTATGGACAGAAGTTGGCCAAAGGGGAATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgtacattcaaatttcaacatgcttgtgacttggggataatggttgtcttgctgtctgataagaaagaagaaagaattcgggcataaatatata...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G20840.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGEST: gi|208334813|gb|GE127018.1|GE127018
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAG
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGEST: gi|207715704|gb|GD699282.1|GD699282
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAG
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208043816|gb|GD841556.1|GD841556
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCCACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208334902|gb|GE127051.1|GE127051
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208100262|gb|GD898418.1|GD898418
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: ATTGAGTCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|207826449|gb|GD799504.1|GD799504
genomic: ATTGAG-CCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GGCAA-GGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACGTTAGCCAGTCCAGCTTEST: gi|193714616|gb|FK650679.1|FK650679
genomic: GGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTAC-TTAGCCAGTCCAGCTT
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208237234|gb|GE033842.1|GE033842
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: CAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208189267|gb|GD986079.1|GD986079
genomic: CAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGTCAGTCCAGCTTAEST: gi|193387580|gb|FK350029.1|FK350029
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208298362|gb|GE094963.1|GE094963
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: TTTGAGTCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193343923|gb|FK313223.1|FK313223
genomic: -TTGAG-CCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208114601|gb|GD912548.1|GD912548
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: TATCAAGGGCAAGGGGATGATTTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTEST: gi|193589017|gb|FK543593.1|FK543593
genomic: TATCAAGGGCAAGGGGATGA-TTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTT
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208215417|gb|GE011116.1|GE011116
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193644219|gb|FK590328.1|FK590328
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208279071|gb|GE077534.1|GE077534
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193308907|gb|FK276191.1|FK276191
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGAGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208075555|gb|GD874316.1|GD874316
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193319640|gb|FK285147.1|FK285147
genomic: GGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|207757009|gb|GD728091.1|GD728091
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAGGGGGATGGTTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|207773530|gb|GD744556.1|GD744556
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: ATTTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208034851|gb|GD836847.1|GD836847
genomic: A-TTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|207761931|gb|GD735058.1|GD735058
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|21595433|gb|BQ610478.1|BQ610478
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193478645|gb|FK447588.1|FK447588
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAEST: gi|193388334|gb|FK356159.1|FK356159
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193711765|gb|FK647864.1|FK647864
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|207764277|gb|GD735306.1|GD735306
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193625356|gb|FK575202.1|FK575202
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208208392|gb|GE004743.1|GE004743
genomic: AGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193402264|gb|FK368477.1|FK368477
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|18734350|gb|BM528131.1|BM528131
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193427265|gb|FK393473.1|FK393473
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GGGATGATTCAG GGAG-CTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|254338244|gb|GR849769.1|GR849769
genomic: GGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|193429696|gb|FK393664.1|FK393664
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208113349|gb|GD913340.1|GD913340
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208246104|gb|GE045718.1|GE045718
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: CAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208046725|gb|GD849561.1|GD849561
genomic: CAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: GATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTAEST: gi|208326022|gb|GE121930.1|GE121930
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
EST: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAG GGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
genomic: AATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgta ... tgtgttgtagGGAGTCTCTGCTGTTAGGGCCTTTTATGAGCTACTTAGCCAGTCCAGCTTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTGTTGAAAGGTCGTAATGCGTGGTATGGACAGAAGTTGGCCAAAGGGGAATTGAGCCTTGAAATGGGTGACAGTATCAAGGGCAAGGGGATGATTCAGgtattttgtacattcaaatttcaacatgcttgtgacttggggataatggttgtcttgctgtctgataagaaagaagaaagaattcgggcataaatatata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataagaaa