Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaacatcatttttttaatgtttttgatattctttttacttctgtttatatattgctgttgtggattatattttggactaaactacattactcaag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G16220.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193569511|gb|FK523126.1|FK523126
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|298170350|gb|HO018974.1|HO018974
EST:     TTGACAAAAGCATTGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|151395074|gb|EV264945.1|EV264945
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|151393509|gb|EV263384.1|EV263384
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|193692225|gb|FK631096.1|FK631096
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|192300022|gb|FG991840.1|FG991840
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|298189266|gb|HO037669.1|HO037669
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|193309192|gb|FK274012.1|FK274012
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|298196849|gb|HO041592.1|HO041592
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|192296626|gb|FG991194.1|FG991194
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|298177939|gb|HO023788.1|HO023788
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGGTGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|208140882|gb|GD935686.1|GD935686
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|192314382|gb|FK008058.1|FK008058
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|192314383|gb|FK008059.1|FK008059
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
EST: gi|193567955|gb|FK524292.1|FK524292
EST:     TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATG                         GAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA
genomic: TTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaaca ... atggtaacagGAAGATATTGATCTTATAGCCAAGTTGGGATTTGATGCTTATAGATTTTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAAAATTCTTGACAAAAGCAATGGTGATGTTGCAGTTAATCATTATCATCGGTACATGgtcggtaacatcatttttttaatgtttttgatattctttttacttctgtttatatattgctgttgtggattatattttggactaaactacattactcaag

- - - - - - - - AAGCAA