Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCGGCTATTGAGGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcagtccacaatatttagaacatatatatttatatttttttaatataataggctatatatatttctttaattatattaagttggaaaattttgtttccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G12180.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G12180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g01910.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCGGCTATTGAGGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcagtccacaatatttagaacatatatatttatatttttttaatataataggctatatatatttctttaattatattaagttggaaaattttgtttccag
|| |||||| |||| ||| |||| |||||   ||| || | ||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||  ||||| |||||| | ||   || || ||  | |            || |||    || |||       |  | | |  ||||  |||| | ||   ||      ||     | |||
CAAAGCACCTTGAAAAGAGTAGGAGTGAACAACATTCCTGGTATCGAAGAGGTCAATATCTTCAAGGATGATGTGGTTATCCAATTTCAGAATCCAAAAGgtgaaat---tctaccatgctgaag---------cttctatagaattgataactcgctccctgttttcttctgaaattgtcttctattcttgccttcc---tgcag

upper sequence: GLYMA11G12180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G131577_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCGGCTATTGAGGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatat----cagtccacaatatttag-aacatatatatttatatttttttaatataataggctatatatatttctttaattatattaagttggaaaattttgtttccag
|||||||||||||| |||||||| |||||  |||| || | |||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||| |||||||| ||    ||| || || || | |  |  ||   || ||   || ||||   | ||||   | | | |    ||| |                               
CAGAGCACCCTGAAAAGAATAGGAGTGAACACCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTGAATCCTAAAGgtaagatactccagaccccagtactcaacaggattagtacttgacttattttctaacaatattttttttgttccccttcag------------------------------

upper sequence: GLYMA11G12180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G001887_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCGGCTATTGAGGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatat----cagtccacaatatttag-aacatatatatttatatttttttaatataataggctatatatatttctttaattatattaagttggaaaattttgtttccag
|| |||||| |||| |||||||| |||||   ||| || | |||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||| |||||||  ||      | |  || || | |  || ||   || ||  | || |||   | ||||   | |   |    ||  |                               
CAAAGCACCTTGAAAAGAATAGGAGTGAACAGCATTCCTGGTATTGAAGAGGTCAACATCTTTAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTTGTAAATCCTAAAGgtatgatactctggactccagtactcaacaagattagtactt-cacttatttctaaaaatattttgtgggttcccctccag------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31455817|gb|CD397845.1|CD397845
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298196960|gb|HO041703.1|HO041703
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|31467192|gb|CD409220.1|CD409220
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|209713944|gb|BW681949.1|BW681949
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|213601463|gb|DB956727.1|DB956727
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|6846120|gb|AW348410.1|AW348410
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|254334936|gb|GR844721.1|GR844721
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|254320515|gb|GR826964.1|GR826964
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|31471769|gb|CD413797.1|CD413797
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|4291541|gb|AI437634.1|AI437634
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|213595673|gb|DB972143.1|DB972143
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|192296273|gb|FG989770.1|FG989770
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7028283|gb|AW458066.1|AW458066
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|254334935|gb|GR844720.1|GR844720
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298185376|gb|HO030589.1|HO030589
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|213613487|gb|DB956945.1|DB956945
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7686591|gb|AW757239.1|AW757239
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTATTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298183043|gb|HO028306.1|HO028306
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTAATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7691849|gb|AW759969.1|AW759969
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7146664|gb|AW508586.1|AW508586
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|213606625|gb|DB959051.1|DB959051
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|5666931|gb|AI930967.1|AI930967
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|209702350|gb|BW656323.1|BW656323
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|20813362|gb|BQ297840.1|BQ297840
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|19269020|gb|BM885276.1|BM885276
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|192330338|gb|FK020593.1|FK020593
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|31470747|gb|CD412775.1|CD412775
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7232451|gb|AW567807.1|AW567807
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|15814296|gb|BI786571.1|BI786571
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298188981|gb|HO035706.1|HO035706
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|6964214|gb|AW432907.1|AW432907
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|5753622|gb|AI960909.1|AI960909
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298184421|gb|HO029634.1|HO029634
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|6482319|gb|AW201588.1|AW201588
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|21285309|gb|BQ473180.1|BQ473180
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|15286275|gb|BI470166.1|BI470166
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|26048793|gb|CA785246.1|CA785246
EST:     CTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: CTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|209702351|gb|BW656324.1|BW656324
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298178137|gb|HO027520.1|HO027520
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|21595297|gb|BQ610434.1|BQ610434
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298189834|gb|HO038237.1|HO038237
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7590058|gb|AW705819.1|AW705819
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|31311737|gb|CD396940.1|CD396940
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|19935758|gb|BQ080573.1|BQ080573
EST:     GGTCTATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|214004873|gb|DB989019.1|DB989019
EST:     TTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: TTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|209713607|gb|BW679344.1|BW679344
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|27426922|gb|CA938442.1|CA938442
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|192295274|gb|FG986993.1|FG986993
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGGAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|213591610|gb|DB975299.1|DB975299
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|193679173|gb|FK620667.1|FK620667
EST:     AAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: AAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|17963331|gb|BM270073.1|BM270073
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|27423982|gb|CA935502.1|CA935502
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|58018108|gb|CX704850.1|CX704850
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|10843993|gb|BF067339.1|BF067339
EST:     GTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|4287176|gb|AI441152.1|AI441152
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|209699569|gb|BW670375.1|BW670375
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298190251|gb|HO032372.1|HO032372
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298179670|gb|HO024885.1|HO024885
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7692052|gb|AW760168.1|AW760168
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|151408364|gb|EV278172.1|EV278172
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|31306334|gb|CD391537.1|CD391537
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|298172104|gb|HO021696.1|HO021696
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|58021658|gb|CX708399.1|CX708399
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|192311011|gb|FK004406.1|FK004406
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|13480223|gb|BG509566.1|BG509566
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|9901693|gb|BE610661.1|BE610661
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|151413132|gb|EV282940.1|EV282940
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|192324686|gb|FK018752.1|FK018752
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|192309439|gb|FK002845.1|FK002845
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|7684999|gb|AW755647.1|AW755647
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|22540667|gb|BU090510.1|BU090510
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|31306013|gb|CD391216.1|CD391216
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCNAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|209699570|gb|BW670376.1|BW670376
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|192333846|gb|FK025107.1|FK025107
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGGCGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|27425385|gb|CA936905.1|CA936905
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|26267954|gb|CA819017.1|CA819017
EST:     TAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: TAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|31465607|gb|CD407635.1|CD407635
EST:     GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAG                         TTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
genomic: GGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAGCATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACAAA
EST: gi|193567612|gb|FK524285.1|FK524285
EST:     AAATCCCAAAG                         TTCAAGTCTATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACA
genomic: AAATCCCAAAGgtaatatcag ... ttgtttccagTTCAAG-C-ATCCATTGCTGCTAATACTTGGGTTGTCAGTGGTTCTCCACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGAGCACCCTGAAGAGAATAGGGGTGAATGCCATCCCGGCTATTGAGGAGGTCAATATCTTTAAGGATGACGTAGTTATCCAGTTTCTAAATCCCAAAGgtaatatcagtccacaatatttagaacatatatatttatatttttttaatataataggctatatatatttctttaattatattaagttggaaaattttgtttccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG