Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGTATCGAGGAGGTAGGGGAACTGGAAGGCCAAAAACTGCTCCACCAGATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcgccctgatgactcatgttccccccctactagcttctgcatataggtatctatctgctatcttttatcccaatcttgatgttcctaattacgtctttatgatttgtacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G40390.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G40390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G49970.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TATGTATCGA-GGAGGTAGGGGAACTGGAAGGCCAAAAACTGCTCCACCAGATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcgccctgatgactcatgttccccccctactagcttctgcatataggtatc-tatctgctatcttttatcccaatcttgatgttcctaattacgtctttatgatttgtacag
 | ||   |  || ||  | ||| ||| ||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||     || | |||  ||  | |  |    |||||    |      | | ||   | | |||| |||  |   | |   | ||| |  || |||  |  |   |  |   | |||
-AGGTGGAGGTGGCGGCGGAGGATCTGAAAGACCAAGAACTGCTCCTCCAGATTTGCCTTCTTTGCTATTGGATGCTCGCATATGCTACCTTGGCATGCCAgtaag----accttcatgtgtc--gataacttgttactaaacccatttctttgctactgtgtttgctctctgcttagcta--ttggatctagctcattttgcttcatttttacttgcag

upper sequence: GLYMA10G40390.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv03s0091g00700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TATGTATCGAGGAGGTAGGGGAACTGGAAGGCCAAAAACTGCTCCACCAGATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcgccctgatgactcatgttccccccctactagcttctgcatataggtatctatctgctatcttttatcccaatctt--gatgttcctaattacgtctttatgatttgtacag---------------
 |||||||| ||||| || ||| ||||||| || | ||||||||| || ||| |||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||  ||   ||      |  | |  ||      || | |  ||  ||  || |  |  ||  | ||| ||  |  | || |  ||| |   || || | |   |||  ||| | |                 
CATGTATCGTGGAGGCAGAGGATCTGGAAGACCCAGAACTGCTCCTCCTGATTTGCCATCTTTGCTCTTAGATGCTCGGATTTGCTATCTGGGCATGCCAgtaag--tcattctctctctttgtttatcctgtgctctgggtattggcta--ggaacttccctatt-tctcttgccatattccttcgatttgattagttgccttgatattttttttcccctctaattttctgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208094999|gb|GD893198.1|GD893198
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTTGCTCAATTTATGTG
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTT-GCTCAATTTATGTG
EST: gi|213590543|gb|DB968107.1|DB968107
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|208203222|gb|GD996688.1|GD996688
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|163921554|gb|EH039313.1|EH039313
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|193421927|gb|FK387986.1|FK387986
EST:     TCTGCCTTCTTTAGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
genomic: TCTGCCTTCTTT-GCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
EST: gi|193547391|gb|FK501888.1|FK501888
EST:     CTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: CTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|208244265|gb|GE042534.1|GE042534
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTACAATTTATGTG
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT-CAATTTATGTG
EST: gi|193417987|gb|FK382573.1|FK382573
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
EST: gi|207777329|gb|GD746968.1|GD746968
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTG
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTG
EST: gi|13481168|gb|BG510511.1|BG510511
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|16348888|gb|BI974483.1|BI974483
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|209699127|gb|BW656167.1|BW656167
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|8283949|gb|BE021508.1|BE021508
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGGTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|193473266|gb|FK437891.1|FK437891
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGA
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGA
EST: gi|208316513|gb|GE110185.1|GE110185
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|193392630|gb|FK358789.1|FK358789
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
EST: gi|193382399|gb|FK348984.1|FK348984
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         AATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagA-TTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
EST: gi|193394650|gb|FK358151.1|FK358151
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
EST: gi|213603560|gb|DB962706.1|DB962706
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTAT
EST: gi|193698567|gb|FK637146.1|FK637146
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|298174223|gb|HO017559.1|HO017559
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
EST: gi|193421504|gb|FK389649.1|FK389649
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAAC
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAAC
EST: gi|193406087|gb|FK370944.1|FK370944
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCT
EST: gi|10235517|gb|BE804405.1|BE804405
EST:     ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCG                         ATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT
genomic: ATCTGCCTTCTTTGCTCTTGGATGCTCGAATATGCTATCTGGGTATGCCGgtaagcatcg ... atttgtacagATTGTACCAGCTGTGACAGAACTTATTGTTGCTCAATTTATGTGGTTGGAT