1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GACTATTCCCTTTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgtatgtatgaatgcacttactcttccatcaaattatgttttttcattgctttaaccaaaacttcacagttaacattcacttttatag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G35620.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|193592131|gb|FK545993.1|FK545993
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|208304855|gb|GE102724.1|GE102724
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|207804260|gb|GD775851.1|GD775851
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|208124761|gb|GD924207.1|GD924207
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|208247328|gb|GE047516.1|GE047516
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TGCCTGGAACCTCATTTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|193362975|gb|FK328739.1|FK328739
genomic: TGCCTGGAACCTCA-TTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|193398901|gb|FK362583.1|FK362583
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|193634044|gb|FK581558.1|FK581558
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|208212494|gb|GE011833.1|GE011833
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTACGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCAEST: gi|207715074|gb|GD695152.1|GD695152
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
EST: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGG GTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
genomic: TTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgt ... acttttatagGTAGTGGTCAGCACAATTGGTCTTCTCTTCATTGGGAAGCTGCTTGAGCCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACTATTCCCTTTGCCTGGAACCTCATTACAGCTGGTTATGTTGAACAATCTGTCTATGGGgtatgtatgtatgtatgaatgcacttactcttccatcaaattatgttttttcattgctttaaccaaaacttcacagttaacattcacttttatag
- - - - - - - - - - - - - - CAGCTG