Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagactcagaaaattagatatctatatacacactgaaatgcttagtttcttcgttatatgcttatattagattatctgacgatgtgatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G32080.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G32080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g13890.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagactcagaaaatt---agatatctata---tacacactgaaatgcttagtttcttcgttatatgcttatattagattatctgacgatgtgatgcag
 || || || || || ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||   |    |||    | ||   | |    | || ||| ||||  | || |||||   | |  | | | ||  ||  |  |    |     |||||
CTACGGCTACGACCCTTTTGGCCTCAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCTCCAAgtaagtagcagcgttcaatcctcaaattcttcttcttttcagactcaaattttcagattcttgtatctgag-taaaatctgacaaaattttcaccc--tgcag

upper sequence: GLYMA10G32080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G149428_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagactcagaaaattagatatctatatacacactgaaatgcttagtttcttcgttatatgcttatattagattatctgacgatgtgatgcag
 ||||| || || || ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||  ||   |||| |    |     |||  | ||| ||   |||  ||    || ||   | |  |||||  ||   || |   | | |   |||||
CTATGGCTACGACCCTTTTGGCCTGGGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtgagt---ctcacatcgatcacggtct-caaacatac---aat--ttcacatcatcaccaaa--cttatccta--ctacc-atcaacgccgtgcag

upper sequence: GLYMA10G32080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv18s0089g01170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagactcagaaaattagatatc-tatatacacactgaaatgc--ttagtttcttcgttatatgcttatattagattatctgacg-atg----tgatgcag--------------------------
||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |         | |    || | | |   |  |||| ||   | || ||  |  |    ||  || |  |    |||||    |||    ||||| ||                          
TTATGGTTATGATCCTTTTGGGCTCAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtaagtgaaactgttggttgattcttcctttttttgccttgaactgtaatgagatttgtactggattgtctagaaaaagggatctgttttatgccactgatgaagagaaattcgtgaggggtttgttgcag

upper sequence: GLYMA10G32080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ11555 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtag-actcagaaaattagatatctatatacacactgaaatgcttagtttcttcgttatatgcttatattagattatctgacgatgtgatgcag
 ||||| | |||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||| | |  |  ||   || | | |   | | | |  | |||  |  ||  | |  | |                                       
CTATGGCTTTGATCCATTTGGACTGAGCAAGAAGCCAGCGGACTTCGACAAgtaagaaacatccatgcaaatcgttccttcttttcg-attga--tcttttttcttctag---------------------------------------

upper sequence: GLYMA10G32080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ18942 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtag-actcagaaaattagatatctatatacacactgaaatgcttagtttcttcgttatatgcttatattagattatctgacgatgtgatgcag
 ||||| | |||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||| | |  |  ||   || | | |   | | | |  | |||  |  ||  | |  | |                                       
CTATGGCTTTGATCCATTTGGACTGAGCAAGAAGCCAGCGGACTTCGACAAgtaagaaacatccatgcaaatcgttccttcttttcg-attga--tctttgttcttctag---------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31309158|gb|CD394361.1|CD394361
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCCATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213605711|gb|DB972331.1|DB972331
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213617994|gb|DB963627.1|DB963627
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15202843|gb|BI425620.1|BI425620
EST:     GTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: GTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|120529736|gb|EH257870.1|EH257870
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209717285|gb|BW659014.1|BW659014
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209726324|gb|BW659624.1|BW659624
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31561383|gb|CD487221.1|CD487221
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213590241|gb|DB970081.1|DB970081
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15288029|gb|BI471920.1|BI471920
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209707264|gb|BW670583.1|BW670583
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17023827|gb|BM094861.1|BM094861
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|6913170|gb|AW394700.1|AW394700
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTNTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15288018|gb|BI471909.1|BI471909
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31463647|gb|CD405675.1|CD405675
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213620494|gb|DB957338.1|DB957338
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|20448293|gb|BQ252417.1|BQ252417
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|192304268|gb|FG996422.1|FG996422
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|18848512|gb|BM567705.1|BM567705
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31474887|gb|CD416915.1|CD416915
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209720961|gb|BW682440.1|BW682440
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209729469|gb|BW651836.1|BW651836
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|192296679|gb|FG991247.1|FG991247
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|9900724|gb|BE609692.1|BE609692
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAGGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|5752686|gb|AI959973.1|AI959973
EST:     TGGTTTATGATCCGTNTGGTC-TAGCNAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCCAGGCGTNTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTG
genomic: TGG-TTATGATCCGTTTGGTCTTAGC-AAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTA-CCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTG
EST: gi|31462968|gb|CD404996.1|CD404996
EST:     TAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209715900|gb|BW650913.1|BW650913
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|120533546|gb|EH261679.1|EH261679
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213590936|gb|DB973733.1|DB973733
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17400274|gb|BM177056.1|BM177056
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213589364|gb|DB961697.1|DB961697
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|26058871|gb|CA801785.1|CA801785
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31307203|gb|CD392406.1|CD392406
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCCATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15285493|gb|BI469384.1|BI469384
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|192297736|gb|FG992784.1|FG992784
EST:     GTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: GTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15204788|gb|BI427556.1|BI427556
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTTC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213608279|gb|DB970834.1|DB970834
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31309178|gb|CD394381.1|CD394381
EST:     AAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: AAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17153204|gb|BM143137.1|BM143137
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCACATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|193583208|gb|FK538828.1|FK538828
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCTGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|192297735|gb|FG992783.1|FG992783
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|5760881|gb|AI966244.1|AI966244
EST:     ATGGNTATGATCCNGTT-GGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCA-                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: ATGGTTATGATCC-GTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|120533630|gb|EH261763.1|EH261763
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|9440240|gb|BE440749.1|BE440749
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|209719773|gb|BW674925.1|BW674925
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|213615178|gb|DB964986.1|DB964986
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCGAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGAT
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGAT
EST: gi|298195200|gb|HO043728.1|HO043728
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15285578|gb|BI469469.1|BI469469
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGTTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|19270885|gb|BM887141.1|BM887141
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31462401|gb|CD404429.1|CD404429
EST:     TAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCTATGCTTGGTGCTGC
genomic: TAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|20813142|gb|BQ297620.1|BQ297620
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|5760762|gb|AI966125.1|AI966125
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGCTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTAGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17518967|gb|BM188009.1|BM188009
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|22523239|gb|BU082050.1|BU082050
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|120495612|gb|EH223779.1|EH223779
EST:     TGGTTATGGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TGGTTAT-GATCCGTTTGGTCTTAGCAAG-AAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|15664329|gb|BI701700.1|BI701700
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|17154001|gb|BM143934.1|BM143934
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|31475389|gb|CD417417.1|CD417417
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|20449174|gb|BQ253298.1|BQ253298
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
EST: gi|120529686|gb|EH257820.1|EH257820
EST:     TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAA                         GTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC
genomic: TATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagac ... tgtgatgcagGTACCAGGCGTTTGAGTTGATTCATGCCAGATGGGCAATGCTTGGTGCTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATGGTTATGATCCGTTTGGTCTTAGCAAGAAGCCAGAGGACTTCGCCAAgtatgtagactcagaaaattagatatctatatacacactgaaatgcttagtttcttcgttatatgcttatattagattatctgacgatgtgatgcag

- - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA