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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAATGGAAGCAACTGTGGTAGATGGAAATGGGACTGAAACAGGACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgtgatatcttaaatttgttacttgaacaatcaatttgtctgtttgcatttgcatggttacttatgcatgcttattgtgatgcaacattttcatgattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G01280.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G01280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0005g02100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GAAATGGAAGCAACTGTGGTAGATGGAAATGGGACTGAAACAGGACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgtgatatcttaaatttgttacttgaacaatcaatttgtctgtttgcatttgcatggttacttatgcatgcttattgtgatgcaacattttcatgattgcag
||||||||||  |||||||| ||||| |||||||| || || || ||||||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| ||  || |||    | ||  ||| ||||     || | || ||||||    ||  ||  | ||| |  |  ||| |       |  ||| || | || ||
GAAATGGAAGATACTGTGGTGGATGGTAATGGGACAGAGACTGGTCATATAATTGTAACAACTATTGGAGGGAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtaagtttttgtgatgttatccctctt-tttggacaacttggttatgtgattgcatg---atttttgatcatg-acacaaatttt-------cccttttataactgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208253805|gb|GE055559.1|GE055559
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|207792503|gb|GD763779.1|GD763779
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|193625414|gb|FK577458.1|FK577458
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|193433116|gb|FK395768.1|FK395768
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTT
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTT
EST: gi|193457767|gb|FK424023.1|FK424023
EST:     TATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: TATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|208065324|gb|GD863058.1|GD863058
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGG
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGG
EST: gi|207692289|gb|GD674430.1|GD674430
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGCGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|208195307|gb|GD992202.1|GD992202
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|193675425|gb|FK616485.1|FK616485
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGG
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGG
EST: gi|208191378|gb|GD987840.1|GD987840
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|208253915|gb|GE052505.1|GE052505
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTA
EST: gi|193446950|gb|FK416211.1|FK416211
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|192300338|gb|FG991440.1|FG991440
EST:     CATATGATTGTTACTACCCATTTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGC
genomic: CATATAATTGTTACTACC-ATT-GGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGC
EST: gi|193419089|gb|FK381829.1|FK381829
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATC
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATC
EST: gi|193400664|gb|FK368319.1|FK368319
EST:     AAAAATGGCCAGCCAAAGAACAAGA                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGT
genomic: AAAAATGGCCAGCCAAAG--C-AG-gtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGT
EST: gi|193400664|gb|FK368319.1|FK368319
EST:     AAAAATGGCCAGCCAAAGAACAAGA                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGT
genomic: AAAAATGGCCAGCCAAAG--C-AG-gtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGT
EST: gi|24205503|gb|BU964756.1|BU964756
EST:     TTACTACCATTGGTGGTCAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: TTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|208085446|gb|GD881462.1|GD881462
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGA
EST: gi|193441743|gb|FK409164.1|FK409164
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|193356522|gb|FK320953.1|FK320953
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|207780088|gb|GD753017.1|GD753017
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|208150945|gb|GD944704.1|GD944704
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATA
EST: gi|193332505|gb|FK301623.1|FK301623
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGG
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGG
EST: gi|193397690|gb|FK365152.1|FK365152
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATG
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATG
EST: gi|207761253|gb|GD730908.1|GD730908
EST:     ACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGA
genomic: ACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAA-TGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGA
EST: gi|207757619|gb|GD728225.1|GD728225
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGG
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGG
EST: gi|207727122|gb|GD701100.1|GD701100
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|208294613|gb|GE090008.1|GE090008
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGA
EST: gi|208111354|gb|GD913650.1|GD913650
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|19453652|gb|BM955062.1|BM955062
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|208056463|gb|GD850292.1|GD850292
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|193431139|gb|FK398579.1|FK398579
EST:     ACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTT
genomic: ACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAA-TGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTT
EST: gi|193416812|gb|FK384198.1|FK384198
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTT
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTT
EST: gi|193716979|gb|FK654677.1|FK654677
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGAAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|193388281|gb|FK357030.1|FK357030
EST:     ACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTACATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
genomic: ACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGT-AAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGGTGTA
EST: gi|193496445|gb|FK460253.1|FK460253
EST:     GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAG                         ACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGG
genomic: GACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgt ... atgattgcagACAATAAGCTATATGGCTGAGCGAGTTGTTGGAAATGGATCATTTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAATGGAAGCAACTGTGGTAGATGGAAATGGGACTGAAACAGGACATATAATTGTTACTACCATTGGTGGTAAAAATGGCCAGCCAAAGCAGgtctgtttgtgatatcttaaatttgttacttgaacaatcaatttgtctgtttgcatttgcatggttacttatgcatgcttattgtgatgcaacattttcatgattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG