Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAGAGGTGGCCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTGgtatgtgttgttgcaaaaaggttgcaactagctttttattgcattggactggacttgatgtgtttgaaatcagtactgatttttcatttttgttgcatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G28530.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G28530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0130g00270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTTAGAGGTGGCCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTGgtatgtgttgttgcaaaaagg---ttgcaactagctttttatt-gcattggactggacttgatg-tgtttga-aatcagtactgatttttcatttttgttgcatag
|| ||||| |||||  |||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |    |  | ||     |  ||| | |   ||  | ||||  || | |   | ||    || | ||  | |||| ||||     ||
GTCAGAGGCGGCCAATTATGGGGGACAGATATATACACTGATGACTCAGATCTTGTTGCTGgtatgtggtgttacaaaggagagtctagagcttatactgcatttgtagatgatagaacttagtggtatgccataacttatattaatgctgcattattgtctttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254330469|gb|GR841734.1|GR841734
EST:     CCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTG                         TTCTCATGCATACAGGTTATTGTCGCCCAACAGCTTCTCCACCTCACATGG
genomic: CCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTGgtatgtgttg ... tgttgcatagTTCTCATGCATACAGGTTATTGTCGCCCAACAGCTTCTCCACCTCACATGG
EST: gi|193331011|gb|FK294137.1|FK294137
EST:     CCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTG                         TTCTCATGCATACAGGTTATTGTCGCCCAACAGCTTCTCCACCTCACATGG
genomic: CCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTGgtatgtgttg ... tgttgcatagTTCTCATGCATACAGGTTATTGTCGCCCAACAGCTTCTCCACCTCACATGG
EST: gi|27426799|gb|CA938319.1|CA938319
EST:     CCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTG                         TTCTCATGCATACAGGTTATTGTCGCCCAACAGCTTCTCCACCTCACATGG
genomic: CCAGCTATGGGGGACTGATGTTTACACTTATGACTCAGATCTTGTTGCTGgtatgtgttg ... tgttgcatagTTCTCATGCATACAGGTTATTGTCGCCCAACAGCTTCTCCACCTCACATGG