Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGTCAGTCATTGACAGCTACAGATTGTTGAAAGAAGGACAGGCATTAAATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagttgaaagcttatgcttttcttgtttgaatgattatactagttctaatcgtttcagatgtttactgtgatggcattggggtatcttatgatcgtcttttgatgggttttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G01820.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G01820.3 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT4G17190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
ACTGTCAGTCATTGACAGCTACAGATTGTTGAAAGAAGGACAGGCATTAAATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagttgaaagcttatgcttttcttgtttgaatgattatactagttctaatcgtttcagatgtttactgtgatggcattggggtatcttatgatcgtcttttgatgggttttgcag
 || || ||  |||| |||||||   |||||||  |||| || |  || |  ||  | || | ||||||  |  |||||||||||||||| ||||||||||||      ||     ||| | ||| |||| ||  |    | ||   | | || ||  ||  |  || || |  |    |                                         
TCTCTCTGTGGTTGATAGCTACAAGCTGTTGAAGCAAGGTCAAGACTTGACGGAGAAAGAGACTTTCCTCTCATGTGCTCTTGGTTGGTGCATTGAATGGgta-----attcct--cttttacttctcttctt--atctttcatctcaatgctcatt-ttgtatttgcttgcatttgcag-----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13180801|gb|BG352141.1|BG352141
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
EST: gi|192297466|gb|FG992694.1|FG992694
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAATGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
EST: gi|193645084|gb|FK593384.1|FK593384
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
EST: gi|8282987|gb|BE020548.1|BE020548
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATG
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATG
EST: gi|192325137|gb|FK017523.1|FK017523
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTCGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
EST: gi|6567264|gb|AW234875.1|AW234875
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
EST: gi|8826734|gb|BE210464.1|BE210464
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
EST: gi|213591397|gb|DB973830.1|DB973830
EST:     ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGG                         CTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA
genomic: ATGATGACGAAATTTTCCTTGCTAGTGCTCTTGGTTGGTGTATTGAATGGgtatggaagt ... ggttttgcagCTTCAGGCATATTTTCTTGTTCTTGATGACATTATGGATAACTCTCACACA