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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTTCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtactaagttcaagacaagcttttctgttgatatttttgttctttttgtttctctatgatgaagtcgtagaagaaatttgttacagtatgaattcacatcacttgataacaattctgtaagttacaatcatcattatataatgctcttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G22430.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G22430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G15660.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTTCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtactaagttcaagacaagcttttctgttgatatttttgttctttttgtttctctatgatgaagtcgtagaagaaatttgttacagtatgaattcacatcacttgataacaattctgtaagttacaatcatcattatataatgctcttgcag
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GATGTGAAGGATAATCCTGTTATGATCTACATGAAAGGTGTCCCTGAATCTCCTCAGTGTGGGTTTAGCTCACTAGCCGTCAGAGTTTTGCAGCAATATAgtaagttttgttgaaatgttgattgaaactgaagaagccttctgtgaattttctttactat--tggcgtt------aggctctgt---gttctgatctactatcttgtgatatcc-ttctttag--------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10845845|gb|BF071195.1|BF071195
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|19936158|gb|BQ080747.1|BQ080747
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|41146075|gb|CK606286.1|CK606286
EST:     TCCACAATGTGGATNTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|7042125|gb|AW472019.1|AW472019
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|6724615|gb|AW309070.1|AW309070
EST:     AGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: AGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|13790877|gb|BG653468.1|BG653468
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|14992101|gb|BI317774.1|BI317774
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|15000045|gb|BI320859.1|BI320859
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|192326383|gb|FK015900.1|FK015900
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|151403203|gb|EV273013.1|EV273013
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|11117921|gb|BF219514.1|BF219514
EST:     GAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: GAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58023967|gb|CX710708.1|CX710708
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58017876|gb|CX704618.1|CX704618
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|192325587|gb|FK019443.1|FK019443
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58024154|gb|CX710895.1|CX710895
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|151412930|gb|EV282742.1|EV282742
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|10255366|gb|BE823132.1|BE823132
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
EST: gi|58018211|gb|CX704953.1|CX704953
EST:     TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG                         ATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG
genomic: TCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATGgtaagtacta ... gctcttgcagATGTTCCTATTAGTGCTAGAAACATTTTGGATGATCCTGACCTTAAAAATG