Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCAGTTTATATTGTATACACGGTGCTTGGCGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattcagggaatcggtattttatatttgttgattgtaaaatagaagtatggaaatgagtaattttagatgcttagcagaggatagactccctgct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G03510.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G03510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0002g06730.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GTCAGTTTATATTGTATACACGGTGCTTGGCGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattcagggaatcggtattttatatttgttgattgtaaaatag-aagtatggaaatgagtaattttagatgcttagcagaggatagactccctgct-
 ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||  |   | | ||  | || ||  |      || |    || ||| || |  |  ||  || | |  | |  ||       |  ||  |   || 
ATCAGTGTATATCGTTTACACGGTGCTCGGAGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGATGAGTATGATGAACTTGCTTgtaagtat--attcatttgggttcttttagctacaccatgaatttaagcaaggataggcagaagctatctgactttcaaagtgacaacttcacctctccctg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193691038|gb|FK627097.1|FK627097
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGGACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTC
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTC
EST: gi|192293998|gb|FG987167.1|FG987167
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|21678250|gb|BQ630601.1|BQ630601
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|22929238|gb|BU546377.1|BU546377
EST:     TGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: TGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298174040|gb|HO017376.1|HO017376
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|5606794|gb|AI900892.1|AI900892
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|15813314|gb|BI785589.1|BI785589
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298168544|gb|HO009474.1|HO009474
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|7692880|gb|AW760979.1|AW760979
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|151403241|gb|EV273051.1|EV273051
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298171678|gb|HO021270.1|HO021270
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298196443|gb|HO041186.1|HO041186
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|8825890|gb|BE209620.1|BE209620
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298197435|gb|HO044914.1|HO044914
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|8284451|gb|BE022010.1|BE022010
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|31462920|gb|CD404948.1|CD404948
EST:     TCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: TCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298183118|gb|HO028381.1|HO028381
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTGTGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298171557|gb|HO016589.1|HO016589
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298192353|gb|HO036435.1|HO036435
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGGACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298196170|gb|HO044561.1|HO044561
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA