Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGCTTCGATAATCAACAATATTTTTCAACCATGCAACAGGTTATGCAGAATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattttgccaatttctcccttatatttttgttcatgaaatttctactggttgatagaatatagacgctgtaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G47830.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G47830.3 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
-TAGCTTCGATAATCAACAATATTTTTCAACCATGCAACAGGTTATGCAGAATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactat--tttgccaatttctcccttatatttttgttcatgaaatttctactggttgatagaatatagacgctgtaacag------------------------
  || || || |  ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||   |||  | |  ||  || |      ||||| |||      | ||| |    | | | | |||||      |   |                           
ACAG-TTTGACACACAACAGTATTATTCCACCATGCAACAAGTTATGCAAAATCCTCAATTTATGACTATGGCTGAGCGTCTTGGTAATGCATTAATGCAGgtttgtatggtctttcatgttgtttaagctatttctgtgttattattttatgtatgataaaataatatcatttttcagattaaatttcagtggcatattttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192309988|gb|FK002512.1|FK002512
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|209715174|gb|BW665651.1|BW665651
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|10843162|gb|BF066475.1|BF066475
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTNTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|254335741|gb|GR847269.1|GR847269
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|17152886|gb|BM142819.1|BM142819
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|10710560|gb|BF010278.1|BF010278
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCT
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCT
EST: gi|193386235|gb|FK349441.1|FK349441
EST:     CATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: CATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|10709138|gb|BF008862.1|BF008862
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGGCATGGCTTGAA-GTTTTTCTAATCCCATCNA-TA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATG-CTTGAAAGTTTTTCTAATCC-ATCAAATA
EST: gi|254335876|gb|GR847404.1|GR847404
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|193492232|gb|FK455258.1|FK455258
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|4297313|gb|AI442600.1|AI442600
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAA                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTATTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|21601758|gb|BQ612089.1|BQ612089
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|5605985|gb|AI900083.1|AI900083
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
EST: gi|151407493|gb|EV277308.1|EV277308
EST:     ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAG                         GATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA
genomic: ATCCTAATTTTATGACCATGGCTGAGCGCCTGGGTAATGCATTGATGCAGgtcactattt ... gctgtaacagGATCCGTCTATGTCTGCCATGCTTGAAAGTTTTTCTAATCCATCAAATAAA