Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgcctttacagttgaatctttttatggtttttcttgtgtgatttacctgatccgagtgatcaataaatttgatgagaaaccagcgattttgac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G20570.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G20570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os06g12220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgcctttacagttgaatctttttatggtttttcttgtgtgatttacctgatccgagtgatcaataaatttgatgagaaaccagcgattttgac----
| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || || |||||  | ||||| |||||||||||   |||  ||||||||||||      ||| |   ||  ||     ||  ||||| |||| | | | |  |  |     | | || |  ||||      |||    |   |||  |    
AAACAAAATCTCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACTTACTGGGTGCTGTACTCGTTTATCACTTTGTTTGAGCTTACTTTTGCTCCAGTAATTGAATGgtaatgaccattttcc---tgggtcaggagatt-ttttttttgtcttactcatttccttttgtttagcatttgatttccctcaaaaagttcagatttagcaaca

upper sequence: GLYMA06G20570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
AGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgcctttacagttgaatctttt-----tatggtttttcttgtgtgatttacctgatccgagtgatcaataaatttgatgagaaaccagcgattttgac
||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | |||||  ||||||| ||||| || || || ||||| |||||  ||||||||||||  |   ||||   || |  ||||      | |||||   ||  | |  | | | |||   ||||      |    |   |    || ||   ||      
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat-tttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatctttt--cctcattcttgaatcaataatggaa--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31463334|gb|CD405362.1|CD405362
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|209727462|gb|BW651957.1|BW651957
EST:     TATTCCTTGA-CACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|298187817|gb|HO031774.1|HO031774
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|208325936|gb|GE121900.1|GE121900
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|207775211|gb|GD749540.1|GD749540
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|298168324|gb|HO014499.1|HO014499
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|192326557|gb|FK018834.1|FK018834
EST:     TATTCCTTGATCACCCCCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|298168765|gb|HO009695.1|HO009695
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAGAGCTGATCCTCACCGGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|207769797|gb|GD741789.1|GD741789
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|26045617|gb|CA783151.1|CA783151
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|192310282|gb|FK002610.1|FK002610
EST:     TATTCCTTGGTCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|6667545|gb|AW278996.1|AW278996
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|192310283|gb|FK002611.1|FK002611
EST:     TATTCCTTGGTCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT