Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCCTGTCTGCTGCACTCATGTCAGATGCTAAGTTTGATGGAGCTGATATGACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagtttttacttgtgcaaaatcaactaaatgttagattagtttgtcacttcgtcagcctttatagatgacaaattttaagttttccaacaatctta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G13640.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G13640.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G53490.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TCCCTGTCTGCTGCACTCATGTCAGATGCTAAGTTTGATGGAGCTGATATGACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgta-acagtttttacttgtgcaaaatcaactaaatgttagattagtttgtcacttcgtcagcctttatagatgacaaattttaagttttccaacaatctta
 | || ||||| ||  | |||   |  |||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  |  || ||||||||||||| | ||  || | |  || ||| |  |  ||   |  | | |  || |         |   || ||  |||    | | | | || |     |      
ACTCTCTCTGCAGCCTTGATGGTTGGGGCTAAGTTTGATGGTGCAGATATGACTGAAGTTGTTATGTCAAAAGCTTATGCTGTAGAAGCAAGCTTTAAAGgtatatagacttaaatcttg-aaatttga--aagcatatggtaaaattatggaccaa--aatgttaattaatgttttagtgtgaattcttttctag-----

upper sequence: GLYMA06G13640.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv16s0098g01540.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TCCCTGTCTGCTGCACTCATGTCAGATGCTAAGTTTGATGGAGCTGATATGACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaa-cagtttttacttgtgcaaaatc-aactaaat-gttagattagtttgtcacttcgtcagcctttatagatgacaaattttaagttttccaacaatctta---
|| ||  | || |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||| | || || || ||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||  || ||    || |||    ||  ||||| | | | || || ||  |    || |||   || |||     |      | ||| ||  |  |  |||    
TCTCTTGCAGCAGCACTCATGTCAGAAGCTAAGTTTGATGGTGCAGACATGTCCGAGGTAGTGATGTCAAAGGCTTATGCCGTTGGAGCCAGCTTCAAAGgtaagtaggttgattttttgccttctctgactaatttgcttgaatatttcatag--tcctca--tttcataatcttcttggaatgagtctt--agtagacttgaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298171589|gb|HO021181.1|HO021181
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTC
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTC
EST: gi|58021910|gb|CX708651.1|CX708651
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: gi|31469215|gb|CD411243.1|CD411243
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATNCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: gi|151398004|gb|EV267882.1|EV267882
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: gi|192321720|gb|FK013602.1|FK013602
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: gi|120532686|gb|EH260819.1|EH260819
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: gi|192320229|gb|FK012675.1|FK012675
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: gi|33390169|gb|CA853376.1|CA853376
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: gi|192321719|gb|FK013601.1|FK013601
EST:     GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG                         GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCCCTGTCTGCTGCACTCATGTCAGATGCTAAGTTTGATGGAGCTGATATGACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagtttttacttgtgcaaaatcaactaaatgttagattagtttgtcacttcgtcagcctttatagatgacaaattttaagttttccaacaatctta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT