1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GATCACATTCAAGAGGATTATAAAGAACAGATCCACAGAGAAGTTCTCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttctcgcatgttctttcattttactgtatacctttatggtttgctcccttaaatcttctgtcaaatcacgtgtgctttctaccatttttgtggt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G12740.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|298190375|gb|HO032496.1|HO032496
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAATGAAEST: gi|298168790|gb|HO009720.1|HO009720
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|298165929|gb|HO008900.1|HO008900
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATGTTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|298171821|gb|HO021413.1|HO021413
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|192326194|gb|FK016986.1|FK016986
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|298191089|gb|HO038568.1|HO038568
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|151413261|gb|EV283069.1|EV283069
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATACTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|298175722|gb|HO018319.1|HO018319
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAAEST: gi|209700762|gb|BW683045.1|BW683045
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
EST: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTG GTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
genomic: TCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttct ... caatccacagGTATGGTTTGCCTTTTGTGTCTCCCCACAACATATTAGTGTCAACAGTGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATCACATTCAAGAGGATTATAAAGAACAGATCCACAGAGAAGTTCTCGGGCATTCCATATGTCATGACACTGCTCAATTGTCTCCTTTCAGCTTGgtgagcttctcgcatgttctttcattttactgtatacctttatggtttgctcccttaaatcttctgtcaaatcacgtgtgctttctaccatttttgtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT