Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTCAGAGCTTGTTAATATGGAAGGCTACAGCGATTGGATACGTTTGGTTGCAGAGTTTACTCTCAAATCTTTGCAATCATGGCAGgttaattattgtgttgctttaaaatattttccagaaaatacatgatatattgcgcttaaaaatcatattcaggattacatcatgtgataattatcattaagatatgcttcataagttaataatttcaaattaggttttttgcacctgtattctgaaatgttgagatattgattaagctgataccttgttgtcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G00520.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
TTGTCAGAGCTTGTTAATATGGAAGGCTACAGCGATTGGATACGTTTGGTTGCAGAGTTTACTCTCAAATCTTTGCAATCATGGCAGgttaattattgtgt-tgctttaaaatattttccagaaaatacatgatatattgcgcttaaaaatcatatt--caggattacatcatg-tgataattatcattaagatatgcttcataagttaataatttcaaattaggttttttgcacctgtattctgaaatgttgagatattgattaagctgataccttgttgtcag
|||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||| ||| || |||||||| || | || || || ||||| ||||||||| | || ||| | | | || |||| | | | ||| || | ||||||| ||||| ||| |||| ||| ||| | | | | | || | | ||| ||| |||| || || || |
TTGTCAGAGCTTGTGAATGTGGATGGCTATAGTGATTGGATACATTTAGTAGCAGAGTTCACGTTAAAGTCCTTACAATCCTGGCAGgttgaatagtgtttatatcccttgagtttctccacatgtaaatttatac-tttcatttaaaaaagatattgcttaagcggcattgaactgattattcgcatcctagcactcgttttgacttgacatactca--ttaagttt---gccttcttactcag----------------------------------------