Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTCAGAGCTTGTTAATATGGAAGGCTACAGCGATTGGATACGTTTGGTTGCAGAGTTTACTCTCAAATCTTTGCAATCATGGCAGgttaattattgtgttgctttaaaatattttccagaaaatacatgatatattgcgcttaaaaatcatattcaggattacatcatgtgataattatcattaagatatgcttcataagttaataatttcaaattaggttttttgcacctgtattctgaaatgttgagatattgattaagctgataccttgttgtcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G00520.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
TTGTCAGAGCTTGTTAATATGGAAGGCTACAGCGATTGGATACGTTTGGTTGCAGAGTTTACTCTCAAATCTTTGCAATCATGGCAGgttaattattgtgt-tgctttaaaatattttccagaaaatacatgatatattgcgcttaaaaatcatatt--caggattacatcatg-tgataattatcattaagatatgcttcataagttaataatttcaaattaggttttttgcacctgtattctgaaatgttgagatattgattaagctgataccttgttgtcag
|||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||| ||| || |||||||| ||  | || || || ||||| ||||||||| | || ||| | |        |  || |||| |    |  | |||  || |  |||||||  |||||          |||     |||| |||  |||      |  | |  | | || | |   |||  ||| ||||   ||     || || |                                        
TTGTCAGAGCTTGTGAATGTGGATGGCTATAGTGATTGGATACATTTAGTAGCAGAGTTCACGTTAAAGTCCTTACAATCCTGGCAGgttgaatagtgtttatatcccttgagtttctccacatgtaaatttatac-tttcatttaaaaaagatattgcttaagcggcattgaactgattattcgcatcctagcactcgttttgacttgacatactca--ttaagttt---gccttcttactcag----------------------------------------