1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CCACTTGGCTACCATTCCCATCACAGGAACTGGCATTAACCCAGCTAGGAGTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttcttacttcctttttaagactttaaattttgttacatatattcccattagcataggaaaataaggtaaatagttatattgatttttataataa...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G37730.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|207746543|gb|GD721530.1|GD721530
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|209706286|gb|BW680673.1|BW680673
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|207714331|gb|GD695852.1|GD695852
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|7284289|gb|AW596883.1|AW596883
genomic: GGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATTGGATGACCAA TGGATTGTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAACTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|209718916|gb|BW669105.1|BW669105
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|193438289|gb|FK401468.1|FK401468
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|151397692|gb|EV267565.1|EV267565
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGEST: gi|8826812|gb|BE210542.1|BE210542
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTG
EST: TCTTCG-AGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGGTTG-ACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGGTGTGTAEST: gi|31466018|gb|CD408046.1|CD408046
genomic: TCT-CGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGG-TTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTA
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|31309774|gb|CD394977.1|CD394977
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|193428883|gb|FK392277.1|FK392277
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|208262601|gb|GE057583.1|GE057583
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: CATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|208132713|gb|GD927776.1|GD927776
genomic: CATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|193670308|gb|FK610276.1|FK610276
genomic: GAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: TCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGGCCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|58018784|gb|CX705526.1|CX705526
genomic: TCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|207683696|gb|GD665559.1|GD665559
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: ATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|10255191|gb|BE822957.1|BE822957
genomic: ATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|58019012|gb|CX705754.1|CX705754
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|31468418|gb|CD410446.1|CD410446
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|31466112|gb|CD408140.1|CD408140
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATTATTTACTACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|151394316|gb|EV264187.1|EV264187
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACA-CAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|38192130|gb|CF921336.1|CF921336
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGGTGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|16343679|gb|BI969274.1|BI969274
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATEST: gi|6726492|gb|AW310846.1|AW310846
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: GTTTCGGAGTTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttct ... tggtttatagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCACTTGGCTACCATTCCCATCACAGGAACTGGCATTAACCCAGCTAGGAGTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgtttcttacttcctttttaagactttaaattttgttacatatattcccattagcataggaaaataaggtaaatagttatattgatttttataataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaata