Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCGCCATGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAGgtaattgatactatttctgttttcccaggattccaaaatgatttacagtctgtttgtgtgatatatctgtcttattatttgttccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G37590.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G37590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TGCGCCATGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAGgtaattgatactatttctgttttcccaggattccaaaatgatttacagtc-tgtttgtgtgatatatctgtcttattatttgttc-cag
||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| | | || |   | |          |    |  | |  |  | |  |||  |||| | |||| ||| |  | || | | |  ||
TGCACCATGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtgctctccatttcccttggaagtcttgatgtcaactgaattgatgtcggtgtaa-atat-tgtttcctcatgtctgcatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209720018|gb|BW651100.1|BW651100
EST:     TGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAG                         ATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAGgtaattgata ... tttgttccagATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|105638058|gb|DY577285.1|DY577285
EST:     AAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAG                         ATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG
genomic: AAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAGgtaattgata ... tttgttccagATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|7042332|gb|AW472226.1|AW472226
EST:     TGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAG                         ATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAGgtaattgata ... tttgttccagATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG
EST: gi|213620495|gb|DB957339.1|DB957339
EST:     TGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAG                         ATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG
genomic: TGTGTGTCTTACCTTCTTCGCAAAAGAGCCCTTTATGATGATATGTCAAGgtaattgata ... tttgttccagATACACATGTTGTGCTGGCTACATGCCTTGCAGTGGTAGGTGTGGAGAAAG