Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGGAGCGGATTAATTCCTCAGGTTATGAATGCCTTTTTCAACAAGATTGAAACACTAAAGCATCAAACGGAATTTCAGTTGCGAGTCTCCTTCGTTGAGgtatatccactatgctatgctggtttgagtatgcagaatctacatatgttcaaagattaggtttattttttaaatttgagcctttatatggtaggttcaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G15750.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G15750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0031g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TCGGAGCGGATTAATTCCTCAGGTTATGAATGCCTTTTTCAACAAGATTGAAACACTAAAGCATCAAACGGAATTTCAGTTGCGAGTCTCCTTCGTTGAGgtatatccactatgctatgctggtttgagtatgcagaatctacatatgttcaaagattaggtttattttttaa---atttgagc-ctttatatggtaggttcaa-
 | ||  ||| | |||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||| | || || |||||||  || |||||| |||||||  ||  | | |  | || |   ||   |        |||  || |  |   | || |  | ||  | || |   |||   || ||  ||||  |   ||    
CCAGACAGGACTGATTCCTCAAGCTATGAATGCATTGTTCAACAAGATTGAAACACTGAAACATCAATCTGAGTTCCAGTTGCACGTATCCTTCATTGAGgttcattgatttta-tgtgttatctttctttctt----tctttattttgtggtacatcaaatctaggtattcactcattcatgcactgaatattatcattttttc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|105633909|gb|DW247272.1|DW247272
EST:     AAACACTGAAGCATCAAACGGAATTTCAGTTGCGAGTCTCCTTCGTTGAG                         ATTTTGAAGGAAGAAGTGAGGGACTTGTTGGATATGGTATCCATGGGCAAA
genomic: AAACACTAAAGCATCAAACGGAATTTCAGTTGCGAGTCTCCTTCGTTGAGgtatatccac ... gattttgaagATTTTGAAGGAAGAAGTGAGGGACTTGTTGGATATGGTATCCATGGGCAAA