Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGACAGAGCAAATTTCTTCTGATACAGAAGTTCATATGGCTTTGACCCCACTACAACCTGTTGTGTTTTTTGGGTTTCATAAACGAATGAGTGTGACAGgttggctctggtttatcatatgtgtagataaatgtgtttgttgtagtttgattactaatggtgatgatttgtgttaaatatctgtttttgcataaatgaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G10590.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G10590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
AAGACAGAGCAAATTTCTTCTGATACAGAAGTTCATATGGCTTTGACCCCACTACAACCTGTTGTGTTTTTTGGGTTTCATAAACGAATGAGTGTGACAGgttggctc--tggtttatcatatgtg-tagataaatgtgtttgttgtagtttgattactaatggtgatgatttgtgttaaatatctgtttttgcataaatgaag
| ||  ||||| ||||| || ||||| ||||||||| | ||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||| |     ||| || |  | |  || || | |  || || ||  ||||  ||     |   |||    ||| ||   | |   ||| || |         
AGGAGTGAGCACATTTCCTCAGATACTGAAGTTCATCTTGCTGTGACGCCACTTCAACCTGTTGTGTTCTTTGGATTCCCAAAACGAATGAGTGTCACAGgttgggttatcagttcatgagttctcctatatgagtaggtgtgctg--gtttattt-----taccgattgactgtatt---tgttcttttctgtag--------