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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTTTCGAACCCTGGGTACGCCTGATGAGAAAATTTGGCCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgccttctctctttttcttcttgataagaattctctgttatgttttataaagcagttacactttgcaactgtttgactgtgagttattgatttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G03110.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26048034|gb|CA784645.1|CA784645
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|8402302|gb|BE057936.1|BE057936
EST:     AAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: AAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|9820225|gb|BE555735.1|BE555735
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCANATTNTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAANGAAGAANGTTTCCAGCT
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAA-GTTTCCAGCT
EST: gi|254316795|gb|GR828332.1|GR828332
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|193407826|gb|FK372376.1|FK372376
EST:     CAGGATTATCCAAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CAGGATTATCC-AAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|208147007|gb|GD949280.1|GD949280
EST:     CAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|193346020|gb|FK310814.1|FK310814
EST:     TTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: TTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|11274456|gb|BF324809.1|BF324809
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGTGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|214009347|gb|DB989937.1|DB989937
EST:     TACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: TACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|254316796|gb|GR828333.1|GR828333
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|193458791|gb|FK425112.1|FK425112
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|193357303|gb|FK323187.1|FK323187
EST:     TTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: TTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|13312181|gb|BG405841.1|BG405841
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|13787561|gb|BG650153.1|BG650153
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|13312098|gb|BG405749.1|BG405749
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|15661958|gb|BI699329.1|BI699329
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|298184961|gb|HO030174.1|HO030174
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCGTCGTTTATTGGTTTGCC
EST: gi|192310694|gb|FK001118.1|FK001118
EST:     CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACT                         GTTTAATACACT
genomic: CCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgc ... ttgatttcagGTTTAATACACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ATTTTTCGAACCCTGGGTACGCCTGATGAGAAAATTTGGCCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACTgtaagcatgccttctctctttttcttcttgataagaattctctgttatgttttataaagcagttacactttgcaactgtttgactgtgagttattgatttcag

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