Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattttttgtatatctttttatgttgtttatgttaattgatttgcaagaatagtactcagtgataaacgtgacgataaacctcagagttgagatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G01160.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G01160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os06g12220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtat--gcattttttgtatatctttttatgttgtttatgt-taattgatttgcaagaatagtactcagtgataaacgtgacg-ataaacctcagagttgagatt-
| |  || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||  | ||||| ||||||||||||  |||  |||| |||||    |  ||||  |   ||     || || ||| ||| | | | |||| |     |  |  | ||   |  |  |  |  | |||  ||||| ||   |   
AAACAAAATCTCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACTTACTGGGTGCTGTACTCGTTTATCACTTTGTTTGAGCTTACTTTTGCTCCAGTAATTGAATGgtaatgaccattttcctgggtcaggagattttttttttgtcttactcatttcc-----ttttgtttagcatttgatttccctcaaaaagttcagatttagcaaca

upper sequence: GLYMA05G01160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G862101_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgta---tgcattttttgt-atatctttttatgttgtttatgttaattgatttgcaagaatagtactcagtgataaacgt----gacgataaacct-cagagttgagatt-----------------------------------------------------------
|||  ||   |||| | |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||  ||||  | ||||| || |||||||||  | |  | ||||||||   | |  || | || || ||    | ||||  || |  |  ||  ||||      | ||  | | |   |||| |    |  | |  |     | || || | ||                                                           
AGACAAAAAATCCTGTAGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTGTTGTACTCATTTGTCACTTTGTTTGAGCTAACTTTTGCTCCAATTATCGAGTGgtaaattacggttctggtcatgtcccaatgtgttcatttttatggtt--tttgtggcctttgtgattatttgcaaacattattggtggtgcatggatatagctgtgtttggtgcatcaagttggtgaaaaggaaactagatatgctcactttagatctttatttgcag

upper sequence: GLYMA05G01160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G047860_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattttttgta--tatctttttatgttgtttatgttaattgatttgcaagaa--tagtactcagtgataaacgtgac-gataa-acctcagagttgagatt------------------------------------------------------------
|||  ||   |||| | |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || |||||  | ||||| || |||||||||  | |  | ||||||||   |    ||||    || |    ||||  |  || |||  |  ||||   |    | ||  | | |   |||| | || | |   || |     | |   ||                                                            
AGACAAAAAATCCTGTAGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTGTTGTACTCGTTTATCACTTTGTTTGAGCTAACTTTTGCTCCAATTATCGAGTGgtaaataacacttgtggtcatgtcccaatgtgttcaattttatgttctttgggtgggcttcgtgattatttggaaacattactggtggtacatggatatagctgtttagtgcaacaagttggtgaatagaaaactaaatatgcttactttagatctttgtttgcag

upper sequence: GLYMA05G01160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
AGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattttttgtatatctttttatgttgtttatgttaattgatttgcaagaatagtactcagtgataaacgtgacgataaacctcagagttgagatt----
||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || ||  ||||||| ||||| || || || |||||||||||| |||| |||||  | | |||| | |   ||   |  ||    |   |  |||   |       |     | ||||    |  |     | |  ||  || |  | | |    
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtattttatgt---ttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattctt-gaatcaataatggaa

upper sequence: GLYMA05G01160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ35580 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
AGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgta-tgcattttttgtatatctttttatgttgtttatgttaattgatttgcaagaatagtactcagtgataaacgtgacgataaacctcagagt-tgagatt-
|||||            || |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||  | || ||| | || ||| | || |  |  || || |  ||||| | | |  |   |  ||| | | |     |||   |   ||| |||  | |    || ||||     |||| |  |  |     ||  | | || |||  
AGAGCCCCAACAAGGAAGACGATGTCCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTTTACTCCTTTGTTACGCTCCTCGAGCTTGCATTGGGAACCGTTCTGGCCTGgtaatccgtgctcgctcgatcctctcaaaacattt---tcttttgctttcgatgctgggttctca-----aaacctctctttggttttctcactctgtgatag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298191954|gb|HO036036.1|HO036036
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|17021138|gb|BM092172.1|BM092172
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|5688137|gb|AI941152.1|AI941152
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|193547552|gb|FK501489.1|FK501489
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|193546045|gb|FK500388.1|FK500388
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298190627|gb|HO032748.1|HO032748
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298190018|gb|HO032139.1|HO032139
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|5688154|gb|AI941169.1|AI941169
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|151408877|gb|EV278685.1|EV278685
EST:     ACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: ACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298191586|gb|HO039065.1|HO039065
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|192294352|gb|FG987281.1|FG987281
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298189313|gb|HO037716.1|HO037716
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298171165|gb|HO016197.1|HO016197
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|19936423|gb|BQ080857.1|BQ080857
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|208334075|gb|GE132454.1|GE132454
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATGTGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTG
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTG
EST: gi|16346714|gb|BI972309.1|BI972309
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|11688734|gb|BF596410.1|BF596410
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298183222|gb|HO028207.1|HO028207
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|193707186|gb|FK642376.1|FK642376
EST:     TACTCCTTGATNACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298196167|gb|HO044558.1|HO044558
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|7285106|gb|AW597593.1|AW597593
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT