Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCACTGGGATGGGCCATTGACACACATTTTGGCTCTTTTGAAGCATTAGTACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtgcagattctgagattcccagcatatcttctatccttacatatccttagagcttaatgtctcggtcattatttgaaatgcactgtttccttttacttcatttgtactgcttgcccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G39930.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G39930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G059991_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TTCACTGGGATGGGCCATTGACACACATTTTGGCTCTTTTGAAGCATTAGTACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtgcagattctgagattcccagcatatcttctatccttacatatccttagagcttaatgtctcggtcattatttgaaatgcactgtttccttttacttcatttgtactgcttgcccag
   ||| || |||||||| ||     ||||||| || ||||| ||| | ||| | ||  | ||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||      || | |||   | |||       | | |    |  ||    ||  ||  || |   |||   | | |  |||   ||     || |||  |  |                       
GAAACTTGGCTGGGCCATCGATGAGGATTTTGGTTCGTTTGAGGCACTTGTAAAGAAGATGAATGCAGAAGGCGCTGCTTTACAAGGGTCTGGATGGGTGgta-----tgtatattactatattat-gctttgtttatgtttattgagaatagttgaaggt--gtgttctgttgaccatt---aacctcatgcttctctgcag----------------------

upper sequence: GLYMA04G39930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0067g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TTCACTGGGATGGGCCATTGACACACATTTTGGCTCTTTTGAAGCATTAGTACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtgcagattctgagattcccagcatatcttctatccttacatatccttagagcttaatgtctcggtcattatttgaaatgcactgtttccttttacttcatttgtactgcttgcccag
||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||  | |||||||| |||  |||| ||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||| || |||  ||||| || | | | |    |||| | |||| |||||     |  || |   |||   | ||  |||  | |  | ||| |||| ||||||||    |||||      |||||    
TTCACTGGGTTGGGCTATAGACACACATTTTGGTTCCATGGAAGCATTGGTAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttgcagcttattaaagttttggcatcttttctttccttg----ttgttggcaattaggatgtc--tcagcaatcaatatg-actgcttcctttt--cacattttcttatcttgcag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254348035|gb|GR854284.1|GR854284
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|209701874|gb|BW670515.1|BW670515
EST:     TTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|213608229|gb|DB970826.1|DB970826
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGT
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGT
EST: gi|213596112|gb|DB977474.1|DB977474
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|16277187|gb|BI942249.1|BI942249
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|16279538|gb|BI943488.1|BI943488
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298166785|gb|HO010224.1|HO010224
EST:     TGCAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAG
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAG
EST: gi|6566815|gb|AW234447.1|AW234447
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACANGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACT
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACT
EST: gi|26043898|gb|CA782221.1|CA782221
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298181231|gb|HO022670.1|HO022670
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTG
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTG
EST: gi|254327280|gb|GR836889.1|GR836889
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|254348034|gb|GR854283.1|GR854283
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|23057548|gb|BU578222.1|BU578222
EST:     TACAAAAAGTTAACGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|120534042|gb|EH262175.1|EH262175
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|120493928|gb|EH222095.1|EH222095
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|15589581|gb|BI674197.1|BI674197
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298185168|gb|HO030381.1|HO030381
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCAGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCT
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCT
EST: gi|6848899|gb|AW351189.1|AW351189
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|16281250|gb|BI944390.1|BI944390
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298164553|gb|HO014198.1|HO014198
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAA
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAA
EST: gi|192323227|gb|FK017048.1|FK017048
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|14991332|gb|BI317005.1|BI317005
EST:     GGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: GGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|193708543|gb|FK648505.1|FK648505
EST:     GGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: GGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|23730997|gb|BU763608.1|BU763608
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGGTGAAACC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACC
EST: gi|298173808|gb|HO017144.1|HO017144
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGA
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGA
EST: gi|13480536|gb|BG509879.1|BG509879
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAAAGTTGAAGA
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGA
EST: gi|10844331|gb|BF067640.1|BF067640
EST:     ACAAAAAGTTAATGCAGAAAGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGGA-GGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAAGCTTGTAGTTGATACCACTGT
genomic: ACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGG-ATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGC
EST: gi|192310848|gb|FK001552.1|FK001552
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|18692743|gb|BM521591.1|BM521591
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTT
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTT
EST: gi|20076003|gb|BQ094786.1|BQ094786
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAAGAGT-GAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACT
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAA-GAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACT
EST: gi|120494757|gb|EH222924.1|EH222924
EST:     AGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAGACCACTGCC
genomic: AGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|17020713|gb|BM091747.1|BM091747
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298165022|gb|HO011071.1|HO011071
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGA
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGA
EST: gi|207737588|gb|GD715590.1|GD715590
EST:     GTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: GTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298197610|gb|HO045089.1|HO045089
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAG
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAG
EST: gi|214007882|gb|DB987812.1|DB987812
EST:     TGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|18692949|gb|BM521797.1|BM521797
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGGACAA-GAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGG
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGG-ACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTG-
EST: gi|120532552|gb|EH260685.1|EH260685
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298191328|gb|HO038807.1|HO038807
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATAGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAA
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAA
EST: gi|58015757|gb|CX702499.1|CX702499
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|26269206|gb|CA820269.1|CA820269
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|16276933|gb|BI942117.1|BI942117
EST:     TACAAANAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|16284486|gb|BI946115.1|BI946115
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|298174724|gb|HO014755.1|HO014755
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGA
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGA
EST: gi|254327281|gb|GR836890.1|GR836890
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|23059161|gb|BU578358.1|BU578358
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|120495097|gb|EH223264.1|EH223264
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCGCTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|209701873|gb|BW670514.1|BW670514
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGGCTTGTAGTTGAAACCACTGCC
EST: gi|16347621|gb|BI973216.1|BI973216
EST:     TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTG                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGG
genomic: TACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtg ... gcttgcccagTGGCTTGGTCTGGACAAAGAGTTGAAGAGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCACTGGGATGGGCCATTGACACACATTTTGGCTCTTTTGAAGCATTAGTACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtgcagattctgagattcccagcatatcttctatccttacatatccttagagcttaatgtctcggtcattatttgaaatgcactgtttccttttacttcatttgtactgcttgcccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC