Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTTGGTGATGGATTTGGTTCCACGCCTGAAATGTGCAAAAAGAACCTGATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggtgtgactaagaagaacctttttgatgtgtgaagaattgcaaaggcgtccatgctcagctgtgaaatcttcttttgccttactcatctttac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G21910.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G21910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G08510.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TTCTTGGTGATGGATTTGGTTCCACGCCTGAAATGTGCAAAAAGAACCTGATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggtgtgactaagaagaacctttttgatgtgtgaagaattgcaaaggcgtccatgctcagctgtgaaatcttcttttgccttactcatctttac---
| ||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||  || |||||| |||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |    |  ||   |  |||||  ||  ||   |   |    |  |  | |     |   | |  | ||   |  | ||  || |   | || |    
TGCTTGGAGATGGGTTTGGCTCTACACCTGAGATGTTTAAGAAGAACTTGATATGGGTTGTCACTCGTATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCTACTTGgtaagctatcct--cttgcataaacctggttc-tgcaggttcatgctctcactctttttaaccaggtttgggaaaaatgatgtgtatttcgttttttcagttg

upper sequence: GLYMA04G21910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv11s0016g04480.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TTCTTGGTGATGGATTTGGTTCCACGCCTGAAATGTGCAAAAAGAACCTGATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttg------gtgtgactaagaagaacctttttgatgtgtgaagaattgcaaaggcgtccatgct-cagctgtgaaatcttcttttgccttactcatctttac
|||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| ||| || |||||| ||||||||||| |||   |||||||||||||| |||   || || || |||||||         |  |  |||  ||     |      |      |  |||         |   |  |   |   ||     | |   | | | |  ||       
TTCTGGGTGATGGTTTTGGTTCAACGCCAGAGATGAGCATAAGGAACCTAATATGGGTGGTCACTCGAATGCAGGTTGTGGTAGATCGGTACCCTACTTGgtaagccatccaaagcctagctagcaaagctttcccaattaaccatatgatttttttttttttttttttgtggtcatggtggttccacat-cataagccag------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298193688|gb|HO040336.1|HO040336
EST:     CTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: CTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|208038277|gb|GD837523.1|GD837523
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193555346|gb|FK511031.1|FK511031
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|208245691|gb|GE048903.1|GE048903
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193393277|gb|FK359269.1|FK359269
EST:     GGTTGATAAATATCCTACAGTG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGATATCTGCATCAGGGAAGAATG
genomic: GGTTGATAAATATCCCACA-TGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATG
EST: gi|298165029|gb|HO011078.1|HO011078
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193638333|gb|FK585945.1|FK585945
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193533373|gb|FK490659.1|FK490659
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|207831859|gb|GD803803.1|GD803803
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193634664|gb|FK584327.1|FK584327
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193609260|gb|FK562936.1|FK562936
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193545983|gb|FK502250.1|FK502250
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|208073851|gb|GD871520.1|GD871520
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTCGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193544717|gb|FK502118.1|FK502118
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|208045819|gb|GD844679.1|GD844679
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTACAAAGTAGACACTTGGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTT-CAA-GTAGACACTTGGG
EST: gi|208163922|gb|GD965312.1|GD965312
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|208079193|gb|GD877033.1|GD877033
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAG
EST: gi|208148567|gb|GD946809.1|GD946809
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193541683|gb|FK498399.1|FK498399
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
EST: gi|193696852|gb|FK638008.1|FK638008
EST:     ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATG                         GGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG
genomic: ATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggt ... tttgcttcagGGGTGATGTTGTTCAAGTAGACACTTGGGTATCTGCATCAGGGAAGAATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCTTGGTGATGGATTTGGTTCCACGCCTGAAATGTGCAAAAAGAACCTGATATGGGTGGTGACTAAGATGCAGGTTGTGGTTGATAAATATCCCACATGgtaagttggtgtgactaagaagaacctttttgatgtgtgaagaattgcaaaggcgtccatgctcagctgtgaaatcttcttttgccttactcatctttac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG