1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GCTAGCTCTCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAGAATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttataccttcctgtcttcttcatctccaggttgtacactgattggaaaacatgccaaaatattgcacgtagaactcatgctatgttactcctgt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G06250.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAEST: gi|208041861|gb|GD842121.1|GD842121
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
EST: TTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTEST: gi|14999246|gb|BI320277.1|BI320277
genomic: TTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGT
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAEST: gi|27425490|gb|CA937010.1|CA937010
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAEST: gi|208283169|gb|GE077361.1|GE077361
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAEST: gi|23057517|gb|BU578191.1|BU578191
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAEST: gi|209712192|gb|BW681398.1|BW681398
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAEST: gi|209722645|gb|BW654652.1|BW654652
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTAEST: gi|213618457|gb|DB969399.1|DB969399
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
EST: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATG GTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
genomic: AATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttat ... ctccttccagGTCATGGTGGTGCTCGTGCTGCTGAGTATGTCAAGAAAAACCTGTTTAGTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTAGCTCTCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAGAATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttataccttcctgtcttcttcatctccaggttgtacactgattggaaaacatgccaaaatattgcacgtagaactcatgctatgttactcctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaaca