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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctatatacttatcaaaaaaccaaatctttttttacatggggtgttgttcattcttattcttatagtatatcagtttcaaaatattggttattctc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G24900.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10845565|gb|BF068659.1|BF068659
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|192294066|gb|FG986155.1|FG986155
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|31476115|gb|CD418143.1|CD418143
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|5606787|gb|AI900885.1|AI900885
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7686270|gb|AW756981.1|AW756981
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7686755|gb|AW757403.1|AW757403
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|17400186|gb|BM176968.1|BM176968
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|10843596|gb|BF066873.1|BF066873
EST:     TTGTGCCTCACGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|192315853|gb|FK008563.1|FK008563
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7693394|gb|AW761487.1|AW761487
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7145824|gb|AW507746.1|AW507746
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|31460082|gb|CD402110.1|CD402110
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7042477|gb|AW472371.1|AW472371
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|209701011|gb|BW652149.1|BW652149
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|192303389|gb|FG995655.1|FG995655
EST:     TCGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|6916165|gb|AW397695.1|AW397695
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7326438|gb|AW620247.1|AW620247
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|151396709|gb|EV266582.1|EV266582
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|31561223|gb|CD487061.1|CD487061
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|15199348|gb|BI423786.1|BI423786
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|31311182|gb|CD396385.1|CD396385
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|31311105|gb|CD396308.1|CD396308
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|6481892|gb|AW201163.1|AW201163
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|12691412|gb|BG157748.1|BG157748
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|298178828|gb|HO024563.1|HO024563
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGT
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|209701010|gb|BW652148.1|BW652148
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|151399965|gb|EV269836.1|EV269836
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7686677|gb|AW757255.1|AW757255
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|120533326|gb|EH261459.1|EH261459
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|7233244|gb|AW568592.1|AW568592
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|15284812|gb|BI468703.1|BI468703
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|9440031|gb|BE440542.1|BE440542
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|151402094|gb|EV271907.1|EV271907
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|15204003|gb|BI426780.1|BI426780
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|13787378|gb|BG649970.1|BG649970
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
EST: gi|6482982|gb|AW202121.1|AW202121
EST:     TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC
genomic: TTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctata ... tttggtgcagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCTAAATCAGCTGTTAAATTTGAGCGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGTGCCTCAGGCTGATAGAGTTCTTATTCGTTTGGAGGAGCTTTCAGATgtatgctatatacttatcaaaaaaccaaatctttttttacatggggtgttgttcattcttattcttatagtatatcagtttcaaaatattggttattctc

- - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT