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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAACAATTTTCACCCATTCCTTTACTGAAGTCTTACTTGAAGGATGCTAGAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgttgagcatctgttttatcacaatatcatgtaattattccctctgttgtttcttgtaataatttgaactggtgctctgaaagttcttcagact...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G23740.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192324592|gb|FK018718.1|FK018718
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|21887756|gb|BQ740969.1|BQ740969
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|151393510|gb|EV263385.1|EV263385
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|192299754|gb|FG990049.1|FG990049
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|151410473|gb|EV280288.1|EV280288
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|192300297|gb|FG991429.1|FG991429
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|192310711|gb|FK001135.1|FK001135
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|193416578|gb|FK384510.1|FK384510
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|18848950|gb|BM568060.1|BM568060
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|5058187|gb|AI736663.1|AI736663
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|192294945|gb|FG986664.1|FG986664
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|207773521|gb|GD744547.1|GD744547
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|207745779|gb|GD720991.1|GD720991
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAA
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAA
EST: gi|193714628|gb|FK649347.1|FK649347
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|207848605|gb|GD817964.1|GD817964
EST:     TCCCACTGCACAG                         ATTGANGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: TCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|213587279|gb|DB959574.1|DB959574
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: gi|254340097|gb|GR858222.1|GR858222
EST:     GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG                         ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AGAACAATTTTCACCCATTCCTTTACTGAAGTCTTACTTGAAGGATGCTAGAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgttgagcatctgttttatcacaatatcatgtaattattccctctgttgtttcttgtaataatttgaactggtgctctgaaagttcttcagact

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
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