Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATTTGCAGTTTTGTCTGGAGTTCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatatttagttgtaaaatttgtcacttttgcttttaagtgatcttcctctggtaatgtgaattcttttgcatttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G46620.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G46620.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv19s0090g01590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
ACATTTGCAGTTTTGTCTGGAGTTCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatatttagttgtaaaatttgtcacttttgcttttaagtgatcttcctctggtaatgtgaattcttttgcatttgcag
||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||  |  |||| ||| | |||||||| ||||||||||||     | |  | || || | | || ||   | | ||| | |||    |   |  |      |||| || | ||| |||
ACATTTGCAATTTTGTCTGGAGTTCACAGTTTGGTTGTCTGTTTTCTGAAGAGGTTGAGAGGAAAGGATGATGgtatggcatctcaactctacaactgg-cattt---catataatttatccattttaagataaccatgttctgtttc-tttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23727058|gb|BU761545.1|BU761545
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|17153736|gb|BM143669.1|BM143669
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|31468894|gb|CD410922.1|CD410922
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGCTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|26047850|gb|CA784505.1|CA784505
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|298181833|gb|HO026008.1|HO026008
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|298174609|gb|HO017832.1|HO017832
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAAAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|9898882|gb|BE607850.1|BE607850
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|22525642|gb|BU084453.1|BU084453
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|298184523|gb|HO029736.1|HO029736
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGCTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|31311953|gb|CD397156.1|CD397156
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGCTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|31311320|gb|CD396523.1|CD396523
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|298178521|gb|HO024256.1|HO024256
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|298181875|gb|HO026050.1|HO026050
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|7925046|gb|AW831072.1|AW831072
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|6071305|gb|AW100692.1|AW100692
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|24135852|gb|BU926362.1|BU926362
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|298173707|gb|HO017043.1|HO017043
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|15337011|gb|BI497667.1|BI497667
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
EST: gi|18041339|gb|BM309633.1|BM309633
EST:     TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATG                         TCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC
genomic: TCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatat ... gcatttgcagTCATTAATGCGGGTGTTGCTGGATGTTGCACTGGTCTTGCTCTAAGTTTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACATTTGCAGTTTTGTCTGGAGTTCATAGTTTGGTTGTTTGCATCTTGAAAAGGCTTAGAGGAAAAGATGATGgtatgaatatttagttgtaaaatttgtcacttttgcttttaagtgatcttcctctggtaatgtgaattcttttgcatttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG