Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTACGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaattttttatttgtttggttagcttgaggctgtatagtttgaacttatctgggaactttgaaattgaaataaacacatgtcaacatccattagc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G10170.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G10170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0019g01240.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTACGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatttt-ttatttgtttggttagcttgaggctgtatagtttgaacttatctgggaactttgaaattgaaataaacacatgtcaacatccattagc-
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||| ||   | | | | |    |   | |||   |     | | |||  | |||  || |   | |   | |  | ||  ||  ||  | ||   || 
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTTAACACTCCTGCTATGTATGTTGCCATACAAGCTGTTCTTTCCTTGTATGCAAGTGGTCGCACCACTGgtaagcatttcaatcaatcgatcaacttattagagttcgagagctgttaacagagctga-aattcaaatacccagacta-catgtgcaaatgttcaaatgca

upper sequence: GLYMA02G10170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ17401 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTACGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaattttttatttgtttggttagcttgaggctgtatagtttgaacttatctgggaactttgaaa-ttgaaataaacac-atg--tcaacatccattagc-----------------------------------------------
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||| || |||||||| || |||||||| || |||||||| || || ||||| || || || |||| | | ||||||  |   ||| || | |  || |   || |||    | | | |     ||| |    |||  ||| |||  |||  ||||  |   |   |                                               
GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAATGTCCCGGCCATGTACGTGGCGATCCAAGCAGTCCTTTCACTCTACGCGAGTGGACGCACTACCGgtatggagtttttttatcccttgctt-gttctagacaagatggttgatgcgtgtttcttttcttcgttgcttgcgatagacatgatgcttcaagttggttctacttttgtttttccctctaacacgttgtatgatcgtggtttgtgatcag

upper sequence: GLYMA02G10170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: EFJ35077 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTACGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaattttttatttgtttggttagcttgaggctgtatagtttgaacttatctgggaactttgaaa-ttgaaataaacac-atg--tcaacatccattagc------------------------------------------------
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||| || |||||||| || |||||||| || |||||||| || || ||||| || || || |||| | | |||||| |||  || | | | |  || |   || |||    | | | |     ||| |    |||  ||| |||  |||  ||||  |   |   |                                                
GAGAAGATGACCCAGATCATGTTCGAGACCTTCAATGTCCCGGCCATGTACGTGGCAATCCAAGCAGTCCTTTCACTCTACGCGAGTGGACGCACTACCGgtatggagttttttttttcctttgcttgttctagacaagatggttgatgcgtgtttcttttcttcgttgcttgcgatagacatgatgcttcaagttggttctacttttttttcttctctctaacacgttgtatgatcgtggtttgtgatcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209717795|gb|BW668932.1|BW668932
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|5607071|gb|AI901169.1|AI901169
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|19347448|gb|BM892328.1|BM892328
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGAT
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGAT
EST: gi|209721507|gb|BW671687.1|BW671687
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|10846439|gb|BF069336.1|BF069336
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|21256346|gb|BQ453234.1|BQ453234
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTTGTATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTAT
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTG-TTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTAT
EST: gi|209700254|gb|BW664479.1|BW664479
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|19453444|gb|BM954854.1|BM954854
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|8282814|gb|BE020375.1|BE020375
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|9204275|gb|BE330499.1|BE330499
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|26058538|gb|CA801452.1|CA801452
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|10843200|gb|BF066513.1|BF066513
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|209717612|gb|BW679692.1|BW679692
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|7924975|gb|AW831001.1|AW831001
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGAGTTGGATTCTGGTGATAGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|15200083|gb|BI424163.1|BI424163
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|17021518|gb|BM092552.1|BM092552
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|192326949|gb|FK019226.1|FK019226
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|213599164|gb|DB962243.1|DB962243
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|213599862|gb|DB973906.1|DB973906
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|4292315|gb|AI441887.1|AI441887
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|24136171|gb|BU926681.1|BU926681
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|7692085|gb|AW760200.1|AW760200
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|213594404|gb|DB967988.1|DB967988
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|17023480|gb|BM094514.1|BM094514
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGAT
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGAT
EST: gi|7926085|gb|AW832111.1|AW832111
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|15201108|gb|BI424697.1|BI424697
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|151400375|gb|EV270189.1|EV270189
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|213613943|gb|DB960936.1|DB960936
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|213589283|gb|DB967762.1|DB967762
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|209701316|gb|BW655911.1|BW655911
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|10237529|gb|BE806417.1|BE806417
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|209698678|gb|BW652479.1|BW652479
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|15812971|gb|BI785246.1|BI785246
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCAC
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCAC
EST: gi|213600758|gb|DB968806.1|DB968806
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|7924321|gb|AW830347.1|AW830347
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|27426342|gb|CA937862.1|CA937862
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGGAT-CTGGTGATGGGGTCAGCCACACTGTCCCT
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGG-ATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCT
EST: gi|6481946|gb|AW201217.1|AW201217
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|209701528|gb|BW667349.1|BW667349
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|15813154|gb|BI785429.1|BI785429
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|213587909|gb|DB971398.1|DB971398
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|13125497|gb|BG316067.1|BG316067
EST:     GCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: GCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|6483040|gb|AW202238.1|AW202238
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCT
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCT
EST: gi|42722420|gb|CK768322.1|CK768322
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|15286966|gb|BI470857.1|BI470857
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGGCGTACAACTG                         GGATTGTGTTGGATTCTGGCGATGGGGGCAGC-ACACTGTTCCCTATCTA
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGT-CCCTATCTA
EST: gi|298172407|gb|HO019447.1|HO019447
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|21677905|gb|BQ630256.1|BQ630256
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
EST: gi|12489563|gb|BG043084.1|BG043084
EST:     CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTG                         GTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG
genomic: CGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaatt ... ctttttgcagGTATTGTGTTGGATTCTGGTGATGGTGTCAGCCACACTGTCCCTATCTATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGAAGATGACCCAAATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCTGCTATGTACGTAGCCATCCAAGCTGTTCTTTCACTGTATGCAAGTGGTCGTACAACTGgtaagcaattttttatttgtttggttagcttgaggctgtatagtttgaacttatctgggaactttgaaattgaaataaacacatgtcaacatccattagc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaataaa