Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGTGGCAAGGGTGACAGAGAACAAAGAATCTACCTTTGGTTTGACCCTACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatatattgacttcttcactcaacaagtaacaaactcaccttcctttttcaccaccatcttgttcccccaatacacagaaatcatattcaagaaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G07610.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51341790|gb|CO983107.1|CO983107
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|19453236|gb|BM954646.1|BM954646
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|51341788|gb|CO983105.1|CO983105
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATANNCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|213601484|gb|DB970414.1|DB970414
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|9900707|gb|BE609675.1|BE609675
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|7283319|gb|AW595927.1|AW595927
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACNCAATAAGGGTATTACAAGAA
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATT-CAAGAA
EST: gi|17153838|gb|BM143771.1|BM143771
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|19452715|gb|BM954125.1|BM954125
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|8827506|gb|BE211236.1|BE211236
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|22524132|gb|BU082943.1|BU082943
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|10846099|gb|BF071249.1|BF071249
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATCGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAAGGTATTCAAGAACAGCAATGACCT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|19936163|gb|BQ080749.1|BQ080749
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|14126005|gb|BG790443.1|BG790443
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|9820616|gb|BE556126.1|BE556126
EST:     ACAAGAAAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGG                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|14990653|gb|BI316326.1|BI316326
EST:     ACAAGATAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|151406547|gb|EV276362.1|EV276362
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
EST: gi|11413489|gb|BF425500.1|BF425500
EST:     ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGT                         TTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT
genomic: ACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatat ... gggtgtgcagTTTCTATGTGGATGACTACCCAATAAGGGTATTCAAGAACAGCAATGACTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGGTGGCAAGGGTGACAGAGAACAAAGAATCTACCTTTGGTTTGACCCTACAAGAGAATACCACAGATACTCAGTGCTATGGAACATGTACCAGATTGTgtaagtatatattgacttcttcactcaacaagtaacaaactcaccttcctttttcaccaccatcttgttcccccaatacacagaaatcatattcaagaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccttcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccccc