Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCTGACATACCGTGAAGTCATTGCTATTCTGATGCAGCGACATGTCCTTGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaatatgtgtgtagcttctcaattttaagaattactgctcccttcattttactaagtcaatatgctatttcttttctttttggtgtgtgttgaga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G05370.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G05370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0058g00390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GCTCTGACATACCGTGAAGTCATTGCTATTCTGATGCAGCGACATGTCCTTGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaatatgtgtgtagcttctcaattttaagaattactgctcccttcattttactaagtcaatatg--ctatttcttttctttttggtgtgtgttgaga--
|| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||   |   || ||  | ||||  |  | || || ||    ||   ||    | |  ||     |     ||       |   ||   || | |  | | |  
GCACTCACATACCGTGAAGTCATTGCTATCCTGATGCAACGACATGTTCTTGTTGATGGGAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTTCTGGTTTCATGGgta---agagtg-gttcatcttcctagctgtatgattttaatctattttttcatcaacaaactgttgaaatctgagaaggtgaattaaagtctctagttaaatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12773251|gb|BG238178.1|BG238178
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|192331395|gb|FK019896.1|FK019896
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|208332715|gb|GE130296.1|GE130296
EST:     ACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: ACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298185233|gb|HO030446.1|HO030446
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|192330329|gb|FK019879.1|FK019879
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|207778559|gb|GD749360.1|GD749360
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298186516|gb|HO037149.1|HO037149
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|6070919|gb|AW100306.1|AW100306
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|13480012|gb|BG509355.1|BG509355
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|207746121|gb|GD717847.1|GD717847
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|16996691|gb|BM086063.1|BM086063
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|254314706|gb|GR829699.1|GR829699
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|24205192|gb|BU964445.1|BU964445
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|14011931|gb|BG726853.1|BG726853
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|9564990|gb|BE474499.1|BE474499
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298171206|gb|HO016238.1|HO016238
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298169563|gb|HO020923.1|HO020923
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|209713029|gb|BW684323.1|BW684323
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|192306160|gb|FG995024.1|FG995024
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCCGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|42723142|gb|CK769041.1|CK769041
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|7686422|gb|AW757070.1|AW757070
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAATACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298185840|gb|HO031001.1|HO031001
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGA                         ATGTTGTATCAATCCCCAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|24136699|gb|BU927209.1|BU927209
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|209711384|gb|BW665355.1|BW665355
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|24205136|gb|BU964389.1|BU964389
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGCATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCCCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|208304228|gb|GE104323.1|GE104323
EST:     TCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298166568|gb|HO010007.1|HO010007
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCACCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|18730191|gb|BM525737.1|BM525737
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|37995318|gb|CF806907.1|CF806907
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298172842|gb|HO019826.1|HO019826
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298178096|gb|HO027479.1|HO027479
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298185836|gb|HO030997.1|HO030997
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|9901739|gb|BE610707.1|BE610707
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|208057359|gb|GD850908.1|GD850908
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|18039968|gb|BM308262.1|BM308262
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|13479334|gb|BG508677.1|BG508677
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTACGCCTGCTGTTTGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298165950|gb|HO008921.1|HO008921
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298186477|gb|HO037110.1|HO037110
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|26058865|gb|CA801779.1|CA801779
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|24205206|gb|BU964459.1|BU964459
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|24135604|gb|BU926114.1|BU926114
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|193527298|gb|FK484208.1|FK484208
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|7232947|gb|AW568298.1|AW568298
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|18039341|gb|BM307635.1|BM307635
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|11413001|gb|BF425021.1|BF425021
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|23727082|gb|BU761559.1|BU761559
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|4397559|gb|AI496556.1|AI496556
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|16347113|gb|BI972708.1|BI972708
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|27425899|gb|CA937419.1|CA937419
EST:     ATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: ATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|33390170|gb|CA853377.1|CA853377
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|213596261|gb|DB960218.1|DB960218
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|193601367|gb|FK552632.1|FK552632
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|18040328|gb|BM308622.1|BM308622
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298173423|gb|HO016759.1|HO016759
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298169333|gb|HO020693.1|HO020693
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|15662189|gb|BI699560.1|BI699560
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|298184731|gb|HO029944.1|HO029944
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|193534913|gb|FK489077.1|FK489077
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|6567212|gb|AW234823.1|AW234823
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
EST: gi|213602877|gb|DB972451.1|DB972451
EST:     TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaata ... ttttttgtagATGTTGTATCAATCCCTAAAACAAATGAGAACTTCCGCCTGCTGTATGACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTCTGACATACCGTGAAGTCATTGCTATTCTGATGCAGCGACATGTCCTTGTTGATGGCAAAGTCAGGACAGACAAGACATATCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtaatatgtgtgtagcttctcaattttaagaattactgctcccttcattttactaagtcaatatgctatttcttttctttttggtgtgtgttgaga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccctt