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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTATCTTTACTAATGTTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacataattgtcatatttcttcttttactggatcttgtaatttttattatgttaatagctaaacatactccttatctaattaaatagcattaagctattttatttgttgattatgctaacatacaacatttttttggttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G04320.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120490920|gb|EH219087.1|EH219087
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|20497810|gb|BQ272740.1|BQ272740
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|11412198|gb|BF424209.1|BF424209
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|209697330|gb|BW655571.1|BW655571
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|27426578|gb|CA938098.1|CA938098
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|209717041|gb|BW654404.1|BW654404
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCTAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAAT
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAAT
EST: gi|213615316|gb|DB963510.1|DB963510
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|209714239|gb|BW665539.1|BW665539
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|209706985|gb|BW683248.1|BW683248
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|209708293|gb|BW683883.1|BW683883
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|213591634|gb|DB968158.1|DB968158
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCC
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCC
EST: gi|213607636|gb|DB958655.1|DB958655
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|15284749|gb|BI468640.1|BI468640
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|19052738|gb|BM731405.1|BM731405
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|15288232|gb|BI472123.1|BI472123
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|193524670|gb|FK480077.1|FK480077
EST:     AAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: AAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|11412830|gb|BF424841.1|BF424841
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|20498718|gb|BQ273648.1|BQ273648
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|120495797|gb|EH223964.1|EH223964
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|192313436|gb|FK005516.1|FK005516
EST:     TGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|105633833|gb|DW247196.1|DW247196
EST:     TTGGCAACCCACATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGTCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|6134078|gb|AW132407.1|AW132407
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|213591868|gb|DB973419.1|DB973419
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|12773440|gb|BG238367.1|BG238367
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGGATCCTAATGTTGG
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATG-ATCCTAATGTTGG
EST: gi|209723920|gb|BW675240.1|BW675240
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|120531769|gb|EH259902.1|EH259902
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
EST: gi|213587584|gb|DB969725.1|DB969725
EST:     TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAG                         GTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA
genomic: TTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacata ... ttggttgcagGTTGTTGCTTTGTGCCAAGCTCCATTCCTACTTGATGATCCTAATGTTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ATTATCTTTACTAATGTTGGCAACCCGCATGCATTGGGACAGAAACCACTGAGCTTCCCTCGCCAGgtttaacataattgtcatatttcttcttttactggatcttgtaatttttattatgttaatagctaaacatactccttatctaattaaatagcattaagctattttatttgttgattatgctaacatacaacatttttttggttgcag

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