Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCATTGGCTGATCTCCAAGGAGATGAAGACCATGCCTTCAAGAAGATTCGTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggtggctgagcttattctgatcactgttgttgactcagatggttttaatctaactaagactgtgtctttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G44700.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G44700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g21798.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CTCATTGGCTGATCTCCAAGGAGATGAAGACCATGCCTTCAAGAAGATTCGTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggtggctgagcttattctgatcactgttgttgactcagatggttttaatctaactaagactgtgtctttgtag
||| ||||||||||| ||    ||||| || || || | |   |||||  |  |  | || |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||  |||    ||   |||| | ||  ||   ||  |    ||| | ||  |  |     | |  | ||    ||||||
CTCCTTGGCTGATCTTCAGAACGATGAGGATCAGGCGTACCGTAAGATCAGACTACGTGCCGAGGATGTGCAGGGGAAAAATGTTCTTACAAACTTCTGGgta--atg----cttctcttactgtg--caaaattacttctccaggttgtaatttttgttgttaaccagttgtattgtag

upper sequence: GLYMA01G44700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0020g03900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CTCATTGGCTGATCTCCAAGGAGATGAAGACCATGCCTTCAAGAAGATTCGTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggtgg--ctgagcttattctgatcactgtt--gttgactcagatggttttaatctaactaagactgtgtctttgtag-------------------------------------------
 ||| | ||||| || || |  ||||| || || || |  |  ||||||||  |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  | |   ||||| |  |    ||     ||   |  | ||  ||| || |  | ||  |     | ||| ||| |                                             
ATCACTTGCTGACCTTCAGGCTGATGAGGATCAGGCTTATAGAAAGATTCGACTGAGAGCTGAAGATGTTCAAGGGAGGAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgacagagatcctgaggtcctataaattttcattctatgtaatcttatgattatt-tttatttttatttatgtatttatttattttttaacaaaatgtttttcttttccttttggaaaatacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208047203|gb|GD845644.1|GD845644
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCC
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCC
EST: gi|208339955|gb|GE134019.1|GE134019
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|19453512|gb|BM954922.1|BM954922
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|254343531|gb|GR857287.1|GR857287
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|38193400|gb|CF922606.1|CF922606
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|15661981|gb|BI699352.1|BI699352
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|298168184|gb|HO013447.1|HO013447
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|4397560|gb|AI496557.1|AI496557
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|298191082|gb|HO038561.1|HO038561
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|5058165|gb|AI736641.1|AI736641
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|7232533|gb|AW567888.1|AW567888
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|16348775|gb|BI974370.1|BI974370
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|17153761|gb|BM143694.1|BM143694
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|26060090|gb|CA803004.1|CA803004
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|7233017|gb|AW568368.1|AW568368
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|192332525|gb|FK025630.1|FK025630
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|12773134|gb|BG238061.1|BG238061
EST:     GGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|192328074|gb|FK020377.1|FK020377
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|26058427|gb|CA801341.1|CA801341
EST:     TTTGAGAGCTGAGGATGTTNCAGGGGAAAA-TGTTCTGACAAACTTTTGN                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: TTTGAGAGCTGAGGATGTT-CAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|192332152|gb|FK024598.1|FK024598
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|17400321|gb|BM177103.1|BM177103
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|7685628|gb|AW756276.1|AW756276
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|12690078|gb|BG156414.1|BG156414
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|19269893|gb|BM886149.1|BM886149
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|14126294|gb|BG790732.1|BG790732
EST:     TTGAGAGCTGAGGATGTTTACAGG-AAAACA-GTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCC
genomic: TTGAGAGCTGAGGATGTTCA-AGGGAAAA-ATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCC
EST: gi|10847434|gb|BF070121.1|BF070121
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|6502115|gb|AW203488.1|AW203488
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTT
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTT
EST: gi|254337475|gb|GR845152.1|GR845152
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|193425799|gb|FK386950.1|FK386950
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGG-AAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|151393784|gb|EV263659.1|EV263659
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTTGGTGCGGAAATGGCA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTT-GGTGCGGAAATGGCA
EST: gi|213599881|gb|DB973911.1|DB973911
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|7588555|gb|AW704278.1|AW704278
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|213616552|gb|DB967188.1|DB967188
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|8669050|gb|BE190152.1|BE190152
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|5058376|gb|AI736852.1|AI736852
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|31561066|gb|CD486904.1|CD486904
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|213611635|gb|DB969023.1|DB969023
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|298181845|gb|HO026020.1|HO026020
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTCCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|298182970|gb|HO028233.1|HO028233
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|38192220|gb|CF921426.1|CF921426
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|13252116|gb|BG363019.1|BG363019
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|19935243|gb|BQ080273.1|BQ080273
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTTTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|9901452|gb|BE610420.1|BE610420
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|213595543|gb|DB968507.1|DB968507
EST:     GTTT-AGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|193472352|gb|FK438601.1|FK438601
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|17153668|gb|BM143601.1|BM143601
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|192318967|gb|FK010587.1|FK010587
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|14011865|gb|BG726787.1|BG726787
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGTGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|192295006|gb|FG986725.1|FG986725
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|6913653|gb|AW395183.1|AW395183
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|24136812|gb|BU927322.1|BU927322
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|37995820|gb|CF807409.1|CF807409
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
EST: gi|192325439|gb|FK017195.1|FK017195
EST:     GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGG                         GGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA
genomic: GTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggt ... gtctttgtagGGAATGGATTTCACAACTGATAAGTTGAGGTCCTTGGTGCGGAAATGGCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCATTGGCTGATCTCCAAGGAGATGAAGACCATGCCTTCAAGAAGATTCGTTTGAGAGCTGAGGATGTTCAAGGGAAAAATGTTCTGACAAACTTTTGGgtatgatggtggctgagcttattctgatcactgttgttgactcagatggttttaatctaactaagactgtgtctttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG