Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCTAACATATAGAGAAGTTATTGCCATCTTGATGCAGCGCCATGTTCTTGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacattttaaaacttggttgccatatagtgctgttatgtccaaattattgtttatttggatatttggactatattgtcacttttgtatattcatatcaagatttttaaattgggattttgacaattttgaccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G31270.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G31270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g07150.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GCTCTAACATATAGAGAAGTTATTGCCATCTTGATGCAGCGCCATGTTCTTGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacattttaaaacttggttgccatatagtgctgttatgtccaaattattgtttatttggatatttggactatattgtcacttttgtatattcatatcaagatttttaaattgggattttgacaattttgaccag
||||| |||||| | || || |||||||| |||||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||  | || |||||||||||| ||| |  ||            ||| ||  |  ||||        ||||  || ||  ||   ||     | |   ||   ||||||  ||   |   |||  | |                            
GCTCTCACATATCGTGAGGTCATTGCCATTTTGATGCAACGTCATGTTTTGGTTGATGGGAAGGTCAGGACCGATAAGACATATCCCTCAGGCTTCATGGgtatgcacactccaa-------ccaatatacagc-caattattctttgcatatttctttttgagagccttttttcacacaatc---tttgtaactttgcaatgagaaatat----------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298173349|gb|HO016685.1|HO016685
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|19054282|gb|BM732949.1|BM732949
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|13788286|gb|BG650878.1|BG650878
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|22932861|gb|BU550000.1|BU550000
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACNNTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCNGNNNACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|17022544|gb|BM093578.1|BM093578
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|21888286|gb|BQ741499.1|BQ741499
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|8283646|gb|BE021205.1|BE021205
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|213604822|gb|DB956135.1|DB956135
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|8827979|gb|BE211709.1|BE211709
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298169248|gb|HO020608.1|HO020608
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298182749|gb|HO031484.1|HO031484
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|26268188|gb|CA819251.1|CA819251
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|18041325|gb|BM309619.1|BM309619
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|19053906|gb|BM732573.1|BM732573
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|7926146|gb|AW832172.1|AW832172
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|209720298|gb|BW669258.1|BW669258
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|8827265|gb|BE210995.1|BE210995
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298188320|gb|HO035013.1|HO035013
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|15203821|gb|BI426589.1|BI426589
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298188025|gb|HO031982.1|HO031982
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|192298439|gb|FG988455.1|FG988455
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|14259674|gb|BG882582.1|BG882582
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|9985684|gb|BE659792.1|BE659792
EST:     AGGACAGACAAGACATANNNNGCNGGTTTCATGG                         ATGTTGTNNCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTNNNTCTACTGTATGACA
genomic: AGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|192332454|gb|FK024215.1|FK024215
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298190414|gb|HO032535.1|HO032535
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|213618374|gb|DB969372.1|DB969372
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|13481264|gb|BG510607.1|BG510607
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|4289606|gb|AI437495.1|AI437495
EST:     GACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: GACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|15813058|gb|BI785333.1|BI785333
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|192298477|gb|FG988478.1|FG988478
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|13790420|gb|BG653011.1|BG653011
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298174877|gb|HO014794.1|HO014794
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298194963|gb|HO043435.1|HO043435
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|16348683|gb|BI974269.1|BI974269
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
EST: gi|298197068|gb|HO041811.1|HO041811
EST:     TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGG                         ATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA
genomic: TGTTGATGGCAAGGTTAGGACAGACAAGACATACCCTGCTGGTTTCATGGgtatgtacat ... ttttgaccagATGTTGTTTCTATTCCCAAAACAAATGAAAATTTCCGTCTACTGTATGACA