Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGTCCAAAAGCATTCTTTGCAAACATGCCGTTGTCTAAGACTCTCACCATGAATCTTGATGTTCCTGAGTCTTGGCTTGTTGAGCCTGTTATTGCATTgtatgtaatattttaggctttgttaatatactgattcttttatcatttttttgtttgctattctttaatgtaactggagaagagtaaatgattcagaata...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13400.1
intron # 29
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G13400.1 (Glycine max), 5'ss of exon 29
lower sequence: AT1G71220.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 26
ATGGTCCAAAAGCATTCTTTGCAAACATGCCGTTGTCTAAGACTCTCACCATGAATCTTGATGTTCCTGAGTCTTGGCTTGTTGAGCCTGTTATTGCATTgtatgtaatatttt-------aggctttgttaatatactgattcttttatcatttttttgtt-tgctattctttaatgtaactggagaagagtaaatgattcagaata------------------------------------------
|||| || || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||||| || || |||||  |||||||| | |          ||    ||  | ||| ||| |  ||||  |     |||||  ||  |||   |  | ||  |     |   |   | || |   |                                            
ATGGGCCTAAGGCATTTTTCGCAAATATGCCATTGTCTAAGACACTTACCATGAATCTTGACGTTCCAGAGCCATGGCTGGTTGAACCAGTAATTGCCATgtatgtattttcccctgaaaaagaaaatgggattatgctgttctttttggctcaaatttgtcatggcatttgcttgtttagttcacttatttttgcttatgcctgaccttctgcttttttgtttcctctctgctggatgtctttgtccag

upper sequence: GLYMA08G13400.1 (Glycine max), 5'ss of exon 29
lower sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 27
ATGGTCCAAAAGCATTCTTTGCAAACATGCCGTTGTCTAAGACTCTCACCATGAATCTTGATGTTCCTGAGTCTTGGCTTGTTGAGCCTGTTATTGCATTgtatgtaatatt--ttaggctttgttaatatactgattct--tttatcatttttttgtttgctattctttaatgtaactggagaagagtaaatgatt-cagaata-----------------
|||| || |||||||| ||||| || ||||| || || || || ||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||  |||||||    |   |||    ||||  |   | ||||     ||| |    | | ||| |||   |  |||   ||||| |   | | |  ||  || |    |                  
ATGGCCCTAAAGCATTTTTTGCCAATATGCCATTATCCAAAACCCTCACTATGAATCTCGATGTGCCTGAGCCATGGCTTGTTGAGCCTGTTATTGCTGTgtatgtttcttccattacctgttgtataagaattgatgtcagttttttgaatctgtgtgtgcatcttattagactaacttgtttacatttgatcttttcttggtctggtctggttctttcag